בנוף המרהיב שניתן להעריץ ממבצר אראגון, מתכוון מערך המוזיאון, שבוצע בניהולו המדעי של פרופ ' פאוסטו צבי, להציע בחמישה קטעים נפרדים על פי תערוכה המנומקת להקשרים טופוגרפיים ותמטיים, את ההיסטוריה של האתרים העתיקים הקיימים בשדות הפלגריים: קומה, פוטאולי, באייה, מיסנום וליטרנום. גרעיני ממצאים (פסלים, כתובות, קורופלסטיקה אדריכלית, כלי חרס מובנים, כלי חרס, חפצי מתכת וזכוכית, צורפים ומטבעות) המבותרים מממצאים ישנים ממוצא פלגראי, שנשמרו עד כה בעיקר בפיקדונות המוזיאון הארכיאולוגי הלאומי של נאפולי, התאחדו למטרה זו עם ההקשרים שהגיעו מחפירות אחרונות שבוצעו בשטח הפלגראי. בתאי הקאמר של חיילי המבצר, המסודרים ברצף רציף בשני מפלסים, הביקור מתחיל בקטע המוקדש לקומה, הממוקם במפלס השני ומורכב מעשרים וארבעה חדרים בהם מאוירת ההיסטוריה של האתר, מהיישוב האופיקו של המאה הראשונה לפני הספירה ועד לעיר היוונית ואז האיטלקית-רומאית עד לאת ' ורסקו העתיקה המאוחרת. באמצעות הצגת הממצאים, שהתגלו במהלך מסעות החפירה שביצעה המפקחת בשיתוף עם אוניברסיטת אגרב;של המחקרים; פדריקו השני&רדקו;והאוניברסיטה&אגרב; &לדקו;ל&רסקו; מזרחי&רסקו;של נאפולי ועם המרכז, בין המאה השמינית למאה החמישית לפני הספירה (אט וגרמנדבלס;אוריינטליזציה, ארכאית וקלאסית), לסמניט עיר המאה הרביעית לפני הספירה (עם תערוכת אפריז נדיר של מטופים מצוירים וטריגליפים של מבנה טמפלרי) ואז הלניסטי-רומאי (עם הצגת ממצאים פיסוליים ואדריכליים ממבני הציבור של הפורום) עד לשלב הכיבוש האחרון בתקופה הביזנטית. החלק השמור לפוטאולי, המורכב מעשרים חדרים במפלס הראשון, ממחיש זאת, ככלל, את ההיסטוריה של האתר: ההתרחבות העירונית הראשונה של מושבת אוגוסטאן עם העדויות הנוגעות לבנייניו למופעים, אמת המים והממצאים המתעדים את האופי הקוסמופוליטי שהניחה העיר (נזכר גם בשחזור מערת מין בווילות פרבריות ונקרופוליס. בכיכר ניתן לבקר בקטע של ריונה טרה, עם תערוכת חפצים מחפירות אחרונות שבוצעו באקרופוליס פוטולנה. הם מתייחסים לעיטור האדריכלי של הקפיטוליום ולקישוט הפיסולי של מבני ציבור אחרים של פורום אוגוסטאן, המורכב מפסלים אידיאליים, כולל ראש העותק המפואר של אתנה למניה מפידיאס, סדרת דיוקנאות של אט וגרמנדבלס;יוליוס-קלאודיה ושברים הרלוונטיים לפסלים של קריאטידים וקליפי, המזכירים את עליית הגג של פורום אוגוסטוס ברומא, עליו מוצעת השערת שחזור מבחוץ. החלק המוקדש לבאיה ומיסנום כולל, במקום זאת, בנוסף לחדרים הנושאים המתוארכים למתקנים קודמים עם שחזור של סאקלו דגלי אוגוסטאלי דה מיסנום, הנימפאום של פונטה אפיטאף ויציקות הגבס העתיקות שהתקבלו ממקורות יווניים של אט וגרמנדבלס; קלאסית והלניסטית, המשמשת את א&רסקוו;סדנת פיסול הפועלת בבאיה בוועדה הקיסרית, מציגה את ממצאי הווילה הימית הרומית של אט וגרמנדבלס; מאוחר-רפובליקני, שהתגלה מתחת לטירה וקוקצ ' ופסטו מעוטר, ושברי של ציורי קיר בסוף השני בסגנון פומפיי. קטע נפרד שמור גם ל ליטרנום, מושבה ימית שנוסדה בשנת 194 לפני הספירה, בה הממצאים (פסלים, כתובות, סחורות קבר וחפצים מסוגים שונים),שנמצאו בחפירות ישנות ואלה שהגיעו מהמחקר החדש שביצע המפקח לא רק במחוזות העירוניים, באזור הפורום, באמפיתיאטרון ובנקרופוליס, אלא גם בשטח הרלוונטי לעיר העתיקה.