Františka byla postavena pod vedením bratra Eliáše, generálního vikáře a architekta řádu, počínaje rokem 1228, pouhé dva roky po světcově smrti, jako místo určené k přijímání jeho ostatků. Papež Řehoř IX položil první kámen byl 17. července 1228, den po kanonizaci svatého Františka, na místě dříve používaném pro popravy a pohřby zločinců. Podle tradice sám Francis na smrtelné posteli označil toto místo svým společníkům jako místo pro jeho pohřeb. Exteriér Exteriér baziliky má zjevné odkazy na francouzskou gotiku ve stoupající fasádě a bipartitních dveřích, osvětlené vodorovnými konzolami a růžovým oknem s typicky Umbrijským vzhledem, a s těžkým, široce strukturovaná zvonice. Povrchy jsou všechny z kamene z Mt. Subasio, které má během dne růžovou barvu a v měsíčním světle svítí bíle. Dolní kostel Návštěvníci vstupují do dolní baziliky ze strany, přes dvojitý 13. c. dveře překonané renesančním prothyrem. Interiér má jednu loď, rozděleno do pěti zátok nízkými arkádami, s bočními kaplemi z konce 13.století. V první zátoce, u vchodu, jsou zobrazeny dvě velké 14. c. Gotické hrobky, a, mezi nimi, kazatelna se 13. c. základna, se zadními přírůstky a přepracováním. Naproti vchodu je kaple svaté Kateřiny, nebo krucifix, zdobí cyklus fresek Boloňského Andrea Bartoli (1368) a osvětlené mullioned 14. c. okna. Polychromovaný dřevěný krucifix na oltáři pochází z konce patnáctého století. Stěny lodi nesou pozůstatky fresek s výjevy z Umučení Krista (vpravo) a příběhy ze života sv. Františka (vlevo) od tzv. mistra sv. Františka (cca 1253). Na konci levé zdi, ve výklenku nad gotickou sedmikráskou, je freska korunovace Panny Marie od Puccia Capanny (14. století). Uprostřed lodi vede schodiště dolů do krypty; za oltářem je urna s ostatky světce, chráněná železným roštem. Když se vrátíme do kostela, kaple Magdalény uchovává vzácné fresky (asi z roku 1314) zobrazující příběhy Marie Magdalény a svatých, připisované škole Giotto, a možná i některé malby rukou mistra. První kaple na levé straně zobrazuje epizody ze života svatého Martina, Simone Martini (1312-1320). V klenbě nad gotickým oltářem jsou další fresky připisované giottovým pomocníkům, včetně Maestro delle Vele (mistr kleneb Assisi). Stěny a sudová klenba pravého transeptu zachovávají fresky školy Giotto a Madonu Enthroned s anděly a sv. Na sousední zdi na konci je pět postav světců, připisovaných Simone Martini. Kaple svatého Mikuláše je také vyzdobena freskami ze školy Giotto (1300 až 1310), pravděpodobně provedenými s pomocí samotného mistra a představujícími příběhy tohoto světce. Ve výklenku nad oltářem je gotická hrobka Giovanniho Gaetana Orsiniho od neznámého umbrijského mistra. Na stěnách a na klenbě levého transeptu mohou návštěvníci obdivovat mimo jiné cyklus Umučení Krista a Madonu a svaté od Pietra Lorenzettiho a jeho dílnu (1315-20). Horní kostel Pokud slavnostní a temná dolní Bazilika zve pokání a ticho, horní kostel stoupá do nebe, vzdušný a jasný. V gotickém stylu s francouzskými vlivy, loď má čtyři zátoky, křížová klenba, a polygonální transept a apsida. Transept je nádherně vyzdoben freskami Cimabue, se slavným ukřižováním, scénami apokalypsy a příběhy svatého Petra. Cyklus byl zahájen v roce 1277 a byl poškozen změnami, při nichž bílá barva získala tmavý tón, což některým obrazům dodalo vzhled fotografických negativů. Cimabue a jeho asistenti také malovali čtyři evangelisty na stropě nad gotickým hlavním oltářem a fresky s příběhy Marie na stěnách. V horní části lodi je cyklus fresek s příběhy nového a Starého zákona, považovaný za částečně dílo malířů římské školy a částečně následovníků Cimabue. Prostor narativních scén je rozptýlen okny zdobenými středověkými vitrážemi, které i přes rekonstrukci tvoří jednu z nejúplnějších takových sad v Itálii. Spodní část stěn lodi zdobí slavný freskový cyklus navržený Giottem, který dohlížel na jeho dokončení jinými rukama. Cyklus obsahuje scény ze života svatého Františka, od jeho mládí přes smrt a posmrtné zázraky, které mu byly připisovány, orámované malovanou architekturou zobrazující sloupy a závorky.