הוכר כאתר מורשת עולמית של אונסקו, בזיליקת פרנציסקוס הקדוש נבנה בהנחיית האח אליאס, הכומר הכללי ואדריכל המסדר, החל משנת 1228, שנתיים בלבד לאחר מותו של הקדוש, כמקום שנועד לקבל את שרידיו. האפיפיור גרגוריוס התשיעי הניח את האבן הראשונה ב -17 ביולי 1228, יום לאחר הקנוניזציה של פרנציסקוס הקדוש, במקום ששימש בעבר להוצאות להורג ולקבורה של פושעים. על פי המסורת, פרנסיס עצמו, על ערש דווי, הצביע על נקודה זו בפני חבריו כמקום קבורתו. חיצוני בחלקו החיצוני של הבזיליקה יש התייחסויות ברורות לגותי הצרפתי בחזית הגואה ובפתח הדו-צדדי, המואר בסוגריים האופקיים ובחלון הוורדים עם מראה אומברי טיפוסי, ועם מגדל פעמונים כבד ומובנה. המשטחים כולם באבן מהר. סובסיו, בעל צבע ורוד במהלך היום ומאיר לבן לאור הירח. הכנסייה התחתונה המבקרים נכנסים לבזיליקה התחתונה מהצד, דרך ג ' 13 כפול. בפנים יש ספינה אחת, המחולקת לחמישה מפרצים על ידי ארקדות נמוכות, עם קפלות צדדיות מסוף המאה ה -13. במפרץ הראשון, בכניסה, מוצגים שני קברים גותיים 14 גדולים, וביניהם דוכן עם ג 13. בסיס, עם תוספות אחוריות ועיבוד מחדש. מול הכניסה נמצאת הקפלה של סנט קתרין, או של הצלב, מעוטרת במחזור ציורי קיר של הבולונז אנדראה ברטולי (1368) והואר על ידי חלונות 14. צלב העץ הפוליכרומי על המזבח מתוארך לסוף המאה החמש עשרה. קירות הספינה נושאים שרידי ציורי קיר עם סצנות מתוך תשוקתו של ישו (מימין) וסיפורים מחייו של פרנציסקוס הקדוש (משמאל), מאת מה שמכונה אדון פרנציסקוס הקדוש (בערך 1253). סמוך לקצה הקיר השמאלי, בנישה מעל בימה גותית, נמצא פרסקו של הכתרת הבתולה על ידי פוצ 'יו קפאנה (ג' 14). באמצע הספינה, גרם מדרגות מוביל אל הקריפטה; מאחורי המזבח נמצא הכד המכיל את שרידי הקדוש, מוגן על ידי סורג ברזל. בשובו לכנסייה, הקפלה של מגדלנה משמרת ציורי קיר יקרים (משנת 1314 לערך) המתארים סיפורים על מריה מגדלנה והקדושים, המיוחסים לבית הספר של ג ' וטו, ואולי כולל ציור כלשהו ביד המאסטר. הקפלה הראשונה משמאל מציגה פרקים מחייו של סנט מרטין, מאת סימון מרטיני (1312-1320). במעבר הכספת, מעל המזבח הגותי, ציורי קיר אחרים המיוחסים לעוזריו של ג ' וטו, כולל מאסטרו דלה וולה (אדון הקמרונות של אסיסי). הקירות וקמרון הקנה של הטרנספט הימני משמרים ציורי קיר על ידי בית הספר של ג ' וטו ומדונה המוקפת במלאכים ופרנסיס הקדוש, קומפוזיציה נהדרת של סימבו, שהופחתה בחלקה. על הקיר הסמוך בסוף חמש דמויות של קדושים, המיוחסות לסימון מרטיני. גם הקפלה של ניקולס הקדוש מעוטרת בציורי קיר מבית הספר של ג ' וטו (1300 עד 1310), אולי הוצא להורג בסיוע המאסטר עצמו, ומייצג סיפורים על אותו קדוש. בנישה מעל המזבח נמצא הקבר הגותי של ג ' ובאני גאטאנו אורסיני על ידי אמן אומברי לא ידוע. על הקירות ועל קמרון הטרנספט השמאלי, המבקרים יכולים להתפעל ממעגל הפסיון של ישו ומדונה וקדושים מאת פייטרו לורנצטי ובית המלאכה שלו (1315-20), בין ציורים אחרים. הכנסייה העליונה אם הבזיליקה התחתונה החגיגית והחשוכה מזמינה תשובה ושקט, הכנסייה העליונה ממריאה אל השמים, אוורירית ובהירה. בסגנון גותי עם השפעות צרפתיות, הספינה כוללת ארבעה מפרצים, קמרונות צולבים וטרנספט ואפסיס מצולע. הטרנספט מעוטר להפליא בציורי קיר של סימבו, עם הצליבה המפורסמת, סצנות האפוקליפסה וסיפורי פטרוס הקדוש. החל בשנת 1277, המחזור נפגע משינויים בהם הצבע הלבן קיבל גוון כהה, והעניק לתמונות מסוימות מראה של שליליות צילומיות. סימבו ועוזריו ציירו גם את ארבעת האוונגליסטים על התקרה מעל המזבח הגבוה הגותי ואת ציורי הקיר עם סיפורי מרי על הקירות. בחלקו העליון של הספינה יש מחזור של ציורי קיר עם סיפורי הברית החדשה והישנה, שנחשבו בחלקם לעבודתם של ציירי בית הספר הרומי ובחלקם על ידי חסידי צ ' ימבו. חלל הסצנות הנרטיביות שזור בחלונות מעוטרים בחלונות ויטראז ' מימי הביניים, שלמרות השחזור מהווים את אחת הסטים השלמים ביותר באיטליה. החלק התחתון של קירות הספינה מעוטר במחזור הפרסקו המפורסם שתוכנן על ידי ג ' וטו, שפיקח על השלמתו בידיים אחרות. המחזור מכיל סצנות מחייו של פרנציסקוס הקדוש, מנעוריו דרך המוות ועד לנסים שלאחר המוות המיוחסים לו, ממוסגרים בארכיטקטורה מצוירת המתארת עמודים וסוגריים.