Priznata kao UNESCO-ve Svjetske baštine, Bazilika svetog Franje izgrađena je pod vodstvom brata Eliasa, vicara generala i arhitekte reda, počevši od 1228. godine, samo dvije godine nakon smrti sveca, kao mjesto dizajnirano za primanje njegovih ostataka. Papa Grgur IX položio je prvi kamen 17. jula 1228.godine, dan nakon kanonizacije Svetog Franje, na mjestu koje se ranije koristilo za pogubljenja i sahrane kriminalaca. Prema tradiciji, sam Francis, na samrtnoj postelji, naznačio je ovo mjesto svojim pratiocima kao mjesto za njegovu sahranu. Vanjski Eksterijer bazilike ima očigledne reference na Francusku gotiku u uspravnoj fasadi i dvostranačkim vratima, osvijetljenim horizontalnim nosačima i prozorima ruže sa tipično Umbrijskim izgledom, i sa teškim, široko strukturiranim zvonikom. Površine su sve u kamenu od Mt. Subasio, koji ima ružičastu boju tokom dana i sija belo na mesečini. Donja crkva Posjetioci ulaze u donju baziliku sa strane, kroz dvostruki 13th c.vrata nadvladana renesansnim protirumom. Unutrašnjost ima jednu lađu, podijeljenu u pet zaljeva niskim arkadama, sa bočnim kapelima s kraja 13.c. U prvom zaljevu, na ulazu, prikazana su dva velika 14. c. gotičke grobnice, a između njih, propovjedaonica sa 13.C. baza, sa zadnjim dodacima i preradom. Nasuprot ulazu je kapela Svete Katarine, ili raspeća, ukrašena ciklusom freski Bolonjeza Andrea Bartoli (1368) i osvijetljena višeslojnim 14. C.prozori. Polihromno drvo Raspelo na oltaru datira s kraja petnaestog stoljeća. Zidovi lađe nose ostatke freski sa scenama iz Hristove strasti (desno) i pričama iz života svetog Franje (lijevo), takozvanog majstora Svetog Franje (oko 1253). Na kraju lijevog zida, u niši iznad gotičkog podija, nalazi se freska krunisanja Bogorodice od strane Puccia capanne (14th c.). U sredini broda, stepenište vodi do kripte; iza oltara je urna koja sadrži ostatke sveca, zaštićena željeznom rešetkom. Vraćajući se u crkvu, Kapela Magdalene čuva dragocjene freske (od oko 1314.) koje prikazuju priče Marije Magdalene i svetaca, pripisane Đotovoj školi, a možda uključuju i neku sliku majstorovom rukom. Prva kapela s lijeve strane prikazuje epizode iz života svetog Martina, Simone Martini (1312-1320). U prelazu trezora, iznad gotskog oltara, nalaze se i druge freske koje se pripisuju Giottovim asistentima, uključujući Maestro delle Vele (Master of the Assisi vaults). Zidovi i barel trezor desnog transept sačuvati freske od strane škole Giotto i Madonna ustoličena Anđeli i St. Francis, veliki sastav Cimabue, koji je djelomično smanjena. Na susjednom zidu na kraju nalazi se pet figura svetaca, koje se pripisuju Simone Martini. Kapela Svetog Nikole takođe je ukrašena freskama iz škole Giotto (1300. do 1310.), moguće izvedene uz pomoć samog majstora i predstavljaju priče tog sveca. U niši iznad oltara nalazi se Gotička grobnica Giovannija Gaetana Orsinija od strane nepoznatog Gospodara Umbrije. Na zidovima i na trezoru lijevog ispusta, posjetioci se mogu diviti ciklusu Hristove strasti i Madone i svetaca Pietra Lorenzettija i njegove radionice (1315-20), između ostalih slika. Gornja crkva Ako svečana i tamna Donja bazilika pozove pokajanje i tišinu, gornja crkva se uzdiže u nebo, prozračna i svijetla. U gotičkom stilu sa francuskim uticajima, talas ima četiri uvale, unakrsno vaulting i poligonalni transept i apse. Transept je divno ukrašen freskama Cimabuea, sa poznatim raspećem, scenama apokalipse i pričama Svetog Petra. Započet 1277. godine, ciklus je oštećen promjenama u kojima je bijela boja poprimila tamni ton, dajući nekim slikama izgled fotografskih negativa. Cimabue i njegovi pomoćnici takođe su oslikali četiri Evangelista na plafonu iznad gotskog visokog oltara i freske sa pričama o Mariji na zidovima. U gornjem dijelu broda nalazi se ciklus freski sa pričama o novom i Starom Zavjetu, za koje se smatra da su dijelom djelo slikara rimske škole, a dijelom i sljedbenika Cimabuea. Prostor narativnih scena prošaran je prozorima ukrašenim srednjovjekovnim vitražima, koji, uprkos rekonstrukciji, čine jedan od najkompletnijih takvih kompleta u Italiji. Donji deo zidova nave ukrašen je čuvenim fresco ciklusom koji je dizajnirao Giotto, koji je nadgledao njegov završetak drugim rukama. Ciklus sadrži scene iz života Svetog Francisa, od mladosti do smrti i posthumna čuda koja su mu pripisana, uokvirena obojenom arhitekturom koja prikazuje kolone i zagrade.