Die Kirche und das Kloster von San Damiano liegen etwas außerhalb des Zentrums von Assisi. Der Komplex war ursprünglich ein Benediktinerpriorat, dessen Aufzeichnungen bis ins Jahr 1030 zurückreichen. Man erreicht die Kirche durch eine Kapelle: rechts befindet sich die Madonna mit dem Kind, mit den hl. Franziskus, Klara, Bernardino und Hieronymus, ein Fresko eines lokalen Malers aus der Mitte des vierzehnten Jahrhunderts. Die Kirche ist einschiffig, mit spitzbogigen Tonnengewölben und einem tiefen Chor. Unmittelbar rechts vom Eingang befindet sich das Fenster, aus dem der Heilige Franziskus das vom Priester von San Damiano verweigerte Geld für die Restaurierung der Kirche warf. An den Wänden sind die Reste von Stuckarbeiten zu sehen, die mit polychromen Rahmen eingefasst sind und für Fresken vorbereitet wurden, die nie ausgeführt wurden. In der 1535 angebauten Kapelle befindet sich ein hölzernes Kruzifix (der Gesichtsausdruck Christi ändert sich je nach Blickwinkel), das 1637 von Fra Innocenzo da Palermo geschnitzt wurde. Am Hauptaltar befindet sich eine Kopie des Kruzifixes, das mit dem Heiligen Franziskus sprach (das Original wird in der Basilika Santa Chiara aufbewahrt). Der hölzerne Chor von 1504 verdeckt teilweise ein kleines Fenster, durch das die Klarissen kommunizierten und vor dem der Leichnam des Heiligen Franziskus von der Portiunkula nach Assisi getragen wurde. Durch die Vorhalle auf der rechten Seite, unter der vier Gefährten der heiligen Klara begraben wurden, gelangt man in die Sakristei. Auf der linken Seite befindet sich ein einfacher Chor, in dem auch das Lesepult der heiligen Klara zu finden ist. Am Altar befindet sich die Kreuzigung, ein Fresko von Pier Antonio Mezzastris aus dem Jahr 1482. Auf der linken Seite befindet sich eine kleine Kammer, in der Franziskus der Überlieferung nach vor seinem Vater Zuflucht suchte. Wenn man in die Vorhalle zurückkehrt, steigt man einige Stufen hinauf und verlässt die Kirche nach rechts durch den Giardinetto di Santa Chiara (Garten der heiligen Klara), eine kleine Terrasse mit Blick auf die darunter liegende Ebene. Wenn man stattdessen in den Kreuzgang hinabsteigt, kann man an den beiden Eckwänden Fresken von Eusebio da San Giorgio (1507) bewundern, auf denen der heilige Franziskus die Wundmale empfängt und die Verkündigung dargestellt ist. Dann gelangt man in das rechteckige Refektorium mit niedrigen Decken, das einer Krypta ähnelt, mit seinen ursprünglichen Bänken und Tischen: ein Kreuz und eine Blumenvase markieren den Platz, den einst die Heilige Klara einnahm.