Kirken og klosteret San Damiano ligger lige uden for centrum af Assisi. Komplekset var oprindeligt et benediktinsk priory, hvis optegnelser dateres tilbage til 1030. Du når kirken gennem et kapel: til højre finder du Madonna og barn med Ss. Francis, Clare, Bernardino og Jerome, en fresco af en lokal maler fra midten af det fjortende århundrede. Kirken har et enkelt skib med ogival tøndehvelv og et dybt kor. Umiddelbart til højre for indgangen er vinduet, hvorfra Saint Francis kastede de penge, der blev nægtet af præsten i San Damiano til restaurering af kirken. Langs væggene kan du se resterne af gipsarbejde, omkranset med polykrome rammer, forberedt til fresker, der aldrig blev lavet. I kapellet, der blev tilføjet i 1535, er et Trækorsfiks (udtrykket på Kristi ansigt ændres afhængigt af Udsigtspunktet), udskåret af fra Innocenso da Palermo i 1637. Ved hovedalteret er en kopi af krucifikset, der talte til Saint Francis (originalen opbevares i basilikaen Santa Chiara). Trækoret fra 1504 dækker delvist et lille vindue, gennem hvilket de fattige Clares kommunikerede, og foran hvilket kroppen af Saint Francis blev båret fra Porsiuncola til Assisi. Når du går ind i vestibulen til højre, hvorunder fire af Saint Clares ledsagere blev begravet, når du sakristiet. Til venstre er et simpelt kor, hvor du også finder Saint Clare ' s talerstol. Ved alteret er korsfæstelsen, en fresco ved Pier Antonio Mesastris fra 1482. Til venstre kan du se et lille kammer, hvor, ifølge traditionen, Francis søgte tilflugt fra sin far. Når du vender tilbage til vestibulen, klatrer du nogle trin og forlader til højre gennem Giardinetto di Santa Chiara (Saint Clare ' s garden), en lille terrasse med udsigt over sletten nedenfor. I stedet for at gå ned i klosteret kan du beundre på de to hjørnevægge, fresker af Eusebio da San Giorgio (1507), St. Francis modtager Stigmata og bebudelsen. Derefter når du det rektangulære refektorium med lave lofter, der ligner en krypt, med dets originale bænke og borde: et kors og en vase med blomster markerer det sted, der engang var besat af Saint Clare.