Det virkelige tidlige centrum for Franciskanisme, Porsiuncola blev et af de vigtigste pilgrimssteder, så meget, at pave fromme V, i slutningen af Rådet for Trento, besluttede at få denne storslåede basilika bygget med det formål at give nyt liv til order of the Friars Minor og en passende modtagelse til de mange trofaste, der allerede besøgte Porsiuncola. Kirken har tre gange med en ikke-fremspringende transept, krydset kuppelplan og en halvcirkelformet apsis, blev designet af Galeaso Alessi; det blev afsluttet 1679 med opførelsen af klokketårnet til højre, som skulle have matchet det til venstre, der ender lige over kirkens tag . Jordskælvene i 1832 forårsagede sammenbruddet af det centrale skib så langt som krydshvelvet, sektioner af sidene og den øverste del af FA-kurraden, mens kuppel og apsis blev reddet. Basilikaens fokus, det vil sige kapellet i Porsiuncola fremstår som en lille kirke, direkte under kuplen. I begyndelsen af det 13.århundrede var kirken blevet forladt blandt de egetræer, der tilhørte de benediktinske munke i Subasio. Omkring 1205 etablerede Francis sit hjem der, restaurerede kirken og grundlagde den franciskanske orden. De første hytter til munkene lavet af ler og rør blev bygget omkring Porciuncola. Dette var det sted, hvor Saint Francis boede oftest, hvor han gav Saint Clare sin religiøse vane (1212), og hvor han holdt kapitlet om Mats (1221), som blev overværet af mere end 5000 brodere. Traditionen siger, at her Saint Francis opnåede plenarmøde overbærenhed fra Jomfru Maria. Porsiuncola er en meget enkel rektangulær konstruktion, lavet af polykrom sten fra Subasio. Den øverste del af FA-kurtaden er dækket af en fresco (Benådningen af Assisi), af Friedrich Overbeck fra L-Kurt (1829). På højre side er resterne af to fresker fra det femtende århundrede med en Sienesisk indflydelse: Madonna og barn mellem Saint Francis og Saint Bernardine. På bagsiden er en fresco af Perugino, Golgata (hvis øverste del er gået tabt). Interiøret (dørknockerne er fra det femtende århundrede) har en tværribbet hvælving, lidt sværtet af røg fra lamperne; ved alteret, Bebudelsen og historier om tilgivelse, et stort panel af Ilario da Viterbo (1393), der også lavede freskomaleriet på hvælvet med evangelisterne; på venstre væg er en fresco af Imago Pietatis.