Skutečné rané centrum františkánství, Porziuncola se stala jedním z nejdůležitějších poutních míst, natolik, že papež zbožný V, na konci Trentského koncilu, rozhodl se nechat tuto grandiózní baziliku postavit s cílem dát nový život Řádu menších bratří a adekvátní přijetí mnoha věřícím, kteří již Porziuncolu navštívili. Kostel má tři uličky, s nevyčnívajícím transeptem, křížovým kopulovitým půdorysem a půlkruhovou apsidou, byly navrženy Galeazzo Alessi; byl dokončen 1679 výstavbou zvonice vpravo, která měla odpovídat levici, která končí těsně nad střechou kostela. Zemětřesení v roce 1832 způsobilo zhroucení centrální lodi až k křížové klenbě, úsekům bočních a horní části fasády, zatímco kopule a apsida byly zachráněny. Těžiště baziliky, tedy kaple Porziuncoly, se jeví jako malý kostel, přímo pod kopulí. Na začátku 13. století byl kostel opuštěn mezi duby patřícími benediktinským mnichům ze Subasia. Kolem roku 1205 zde František založil svůj domov, kostel obnovil a založil františkánský řád. První chaty pro mnichy z hlíny a rákosí byly postaveny kolem Porziuncoly. Toto bylo místo, kde svatý František žil nejčastěji, kde dal Svaté Kláře její náboženský zvyk (1212) a kde držel kapitulu Mats (1221), které se zúčastnilo více než 5000 mnichů. Tradice uvádí, že zde svatý František získal plenární shovívavost od Panny Marie. Porziuncola je velmi jednoduchá obdélníková konstrukce, vyrobená z polychromovaného kamene ze Subasia. Horní část průčelí pokrývá freska (Pardon z Assisi) od Friedricha Overbecka z Lübecku (1829). Na pravé straně jsou pozůstatky dvou fresek z patnáctého století se sienským vlivem: Madona a dítě mezi Svatým Františkem a Svatým Bernardinem. V zadní části je freska Perugina, Kalvárie (jejíž horní část byla ztracena). Interiér (Klepadla dveří jsou z patnáctého století) má křížovou žebrovou klenbu, trochu zčernalou kouřem z lamp; u oltáře, Zvěstování a příběhy odpuštění, velký panel od Ilaria da Viterba (1393), který také vytvořil Freskový pás na klenbě s evangelisty; na levé stěně je freska Imago Pietatis.