Истинският ранен център на Францисканството, Порциункола се превръща в едно от най-важните поклоннически места, толкова много, че в края на събора в Тренто Папа благочестиви решава да построи тази грандиозна базилика с цел да даде нов живот на Ордена на малките братя и адекватен прием за многото вярващи, които вече посещават Порциункола. Църквата има три пътеки, с не-стърчащ трансепт, план с кръстосан купол и полукръгла апсида, проектирани от Галеацо Алеси; тя е завършена през 1679 г .с изграждането на камбанарията отдясно, която трябва да съответства на тази отляво, която завършва точно над покрива на църквата. Земетресенията от 1832 г.причиняват срутването на централния кораб до кръста, секциите от страничните и горната част на фаç, докато куполът и апсидата са спасени. Фокусът на базиликата, Т.е. параклисът на Порциункола се появява като малка църква, директно под купола. В началото на 13 век църквата е изоставена сред дъбовете на бенедиктинските монаси от Субазио. Около 1205 г. Франциск основава своя дом там, възстановява църквата и основава Францисканския орден. Първите колиби за монасите, направени от глина и тръстика, са построени около Порциункола. Това е мястото, където Свети Франциск живее най-често, където дава на света Клара религиозния й навик (1212 г.) и където държи глава Мат (1221 г.), която се посещава от повече от 5000 монаси. Традицията гласи, че тук Свети Франциск получава пълна индулгенция от Дева Мария. Порциунколата е много проста правоъгълна конструкция, изработена от полихромен камък от Субазио. Горната част на фаç е покрита с фреска (помилването на Асизи), от Фридрих Овербек от Л .üбек (1829). От дясната страна са останките от две фрески от петнадесети век с Сиенско влияние: Мадона и Младенеца между Свети Франциск и Свети Бернардин. В задната част е фреска на Перуджино, Голгота (горната част на която е изгубена). Интериорът (чукачите на вратите са от петнадесети век) има напречно оребрен свод, малко почернял от дима от лампите; пред олтара, Благовещение и истории за прошка, голям панел от Иларио да Витербо (1393), който също е направил стенописната лента на свода с евангелистите; на лявата стена е фреска на Имаго Пиетатис.