Η Βασιλική της Santa María βρίσκεται στον τόπο όπου, κατά τη διάρκεια της Μουσουλμανικής εποχής, βρισκόταν το κύριο τζαμί. Μετά την κατάκτηση της πόλης από τον Jaume I το 1265, το τζαμί παρέμεινε σε αυτό το μέρος μέχρι το 1334. Πάνω από αυτό χτίστηκε η πρώτη καθολική εκκλησία, πιθανώς γοτθικού ρυθμού και με σταυροειδή διάταξη, η οποία παρέμεινε μέχρι το 1492. Πιστεύεται ότι σε αυτό το ναό το Μυστήρι (μυστήριο παιχνίδι της Έλτσε),εκτελέστηκε για πρώτη φορά, πιθανώς με την κατασκευή ενός συστήματος ράμπας, δαπέδου και ψηλής οροφής με τη μορφή θόλου, θόλου ή Καμάρας, όπως ήταν ο κανόνας για τις παραστάσεις της Κοίμησης της Θεοτόκου της εποχής. Η δεύτερη εκκλησία ήταν μεγαλύτερη και ολοκληρώθηκε το 1556, αλλά κατέρρευσε λόγω των πολύ ισχυρών βροχών το 1672. Διατηρούμε μια περιγραφή του από τον Christopher Sanz του 1621: "ο ναός όπου πραγματοποιείται αυτό το φεστιβάλ, που είναι η κύρια εκκλησία, φαίνεται να έχει χτιστεί για αυτόν ακριβώς τον σκοπό, λόγω του τεράστιου μεγέθους του, με ένα σηκό τόσο ψηλό που προκαλεί δέος και έκπληξη στους ξένους. Φαίνεται ότι η ίδια η Παναγία το κρατά ψηλά έτσι ώστε να γιορτάζεται εκεί ο θάνατος και η Κοίμηση της στους ουρανούς. Δεν υπάρχει σε ολόκληρο τον χριστιανικό κόσμο άλλο τέτοιο κτίριο όπως αυτή η εκκλησία, η οποία ολοκληρώθηκε, όπως φαίνεται στα κτίριά της, το έτος 1556". Το κτίριο της σημερινής εκκλησίας ξεκίνησε το 1672 υπό τις εντολές του masterbuilder Francesc Verde, ο οποίος ανέλαβε το ρόλο από τους Pere Quintana και Ferrán Fouquet. Από το 1758, οι κατασκευαστικές εργασίες συνεχίστηκαν, με σημαντικές συνεισφορές, από τον αρχιτέκτονα Μάρκο Ευαγγέλιο. Τα έργα ολοκληρώθηκαν οριστικά το 1784. Η διάταξή του έχει τη μορφή λατινικού σταυρού με μεγάλο κεντρικό κλίτος και τέσσερα παρεκκλήσια σε κάθε πλευρά με διάτρητα στηρίγματα. Πάνω από το εγκάρσιο κλίτος υπάρχει ένας μεγάλος θόλος, ο οποίος αποτελεί μέρος του σκηνικού του μυστηρίου του Έλτσε και ο οποίος καλύπτεται εξωτερικά από μπλε πλακάκια. Είναι δυνατό να εντοπιστούν τα διαφορετικά στυλ αρχιτεκτονικής, από τις πρώτες προσπάθειες βελτίωσης του διακοσμημένου στυλ του, έως το καθαρό νεοκλασικό, περνώντας από το διακοσμητικό ιταλικό Μπαρόκ της πρόσοψης της Κοίμησης της Θεοτόκου, ένα από τα πιο όμορφα παραδείγματα του Μπαρόκ της Βαλένθια. Τόσο αυτή η πρόσοψη όσο και η κύρια πόρτα του San Agatángelo, είναι έργα του γλύπτη του Στρασβούργου Nicolás de Bussi (1680-1682).