Η πρώτη οχύρωση σε αυτήν την τοποθεσία ήταν ένας πύργος με τετράγωνη βάση, που χτίστηκε μεταξύ 1583 και 1585 από τον αρχιτέκτονα της Φλωρεντίας Camillo Camillani με εντολή του Marcantonio II Colonna the Younger, αντιβασιλέας της Σικελίας, ως μέρος ενός αμυντικού σχεδίου της ακτής της Σικελίας. Η κατασκευή του σημερινού φρουρίου ξεκίνησε το 1615 από τον Hernando Petigno, διοικητή του βασιλικού ιππικού της Σικελίας και στρατιωτικό κυβερνήτη των Συρακουσών. Ο παλαιότερος Πύργος ενσωματώθηκε στο Νέο Φρούριο. Η κατασκευή διακόπηκε μέχρι το 1636 όταν τα έργα συνεχίστηκαν υπό τη διεύθυνση του Serpione Cottone, Marquess d'altamura. Το φρούριο ολοκληρώθηκε και άνοιξε το 1640 και είναι ένα σπάνιο παράδειγμα μπαρόκ φρουρίου του οποίου πολλά εμφανίστηκαν στη Σικελία τον 17ο αιώνα. Το φρούριο Sant'angelo δεν δέχτηκε ποτέ επίθεση και αποστρατικοποιήθηκε τον 19ο αιώνα όταν χρησιμοποιήθηκε ως τοποθεσία για κυβερνητικό τηλεγράφημα από το 1849 έως το 1856. Στις αρχές της δεκαετίας του 1900 το φρούριο φρουρείται από την Πολεμική Αεροπορία και το φρούριο έγινε Φάρος. Το πρωί της 10ης Ιουλίου 1943 η λεγόμενη ημέρα D για την αγγλοαμερικανική προσγείωση στη Σικελία, Το Fort Sant'angelo βομβαρδίστηκε από το Αμερικανικό ελαφρύ καταδρομικό USS Μπρούκλιν και το αντιτορπιλικό USS Buck. Αυτό προκάλεσε πολλές ζημιές που επισκευάστηκαν αργότερα. Το 1965, η λειτουργία του φάρου ακυρώθηκε και το φρούριο εγκαταλείφθηκε.