Nama Museum Allard Pierson berasal dari profesor arkeologi klasik pertama di Universitas Amsterdam, Allard Pierson (1831-1896). Mantan pendeta ini diundang pada tahun 1877 untuk menduduki kursi estetika, sejarah seni, dan bahasa Modern di universitas yang baru didirikan. Kecintaannya pada zaman kuno, didorong oleh perjalanannya ke daerah Mediterania, menyebabkan dia mengumpulkan koleksi gips dari tahun 1877 hingga 1895. Profesor arkeologi kedua di Universitas Amsterdam, Jan Six, memiliki banyak koleksi buku dan benda antik pribadi. Pada kematiannya pada tahun 1926, universitas tertarik untuk memperoleh koleksinya. Pada tahun 1932, Putra Pierson Jan Lodewijk mendirikan Yayasan Allard Pierson untuk membuat koleksi barang antik tersedia untuk penelitian dan pengajaran. Koleksinya dibawa ke sebuah bangunan di Weesperzijde di Amsterdam, dengan lantai paling atas berfungsi sebagai museum. Koleksinya bertambah karena pembelian, hadiah, dan pinjaman artefak dan dokumen. Pada 12 November 1934, Museum Allard Pierson secara resmi dibuka di sebuah gedung di Sarphatistraat 129-131 (sudut Roeterstraat). Museum ini akhirnya outgrew bangunannya. Sebuah gedung baru tersedia ketika bank Nederlandse mengosongkan kantor mereka di Oude Turfmarkt pada tahun 1976. H. R. H. putri Beatrix menghadiri Pembukaan Kembali museum pada 6 Oktober 1976. Museum ini memiliki koleksi yang berkaitan dengan peradaban kuno Mesir, Timur Dekat, dunia Yunani, Etruria, dan Kekaisaran Romawi. Koleksinya meliputi benda-benda seni dan peralatan yang berasal dari 4000 SM hingga 500 M. Ada juga model skala kuil dan bangunan kuno. Dalam pameran Mesir kuno ada ruangan yang didedikasikan untuk kematian, dengan mumi, sarkofagus, dan film yang menunjukkan proses mumifikasi. Loteng gips, untuk dikunjungi hanya dengan tur berpemandu, menunjukkan salinan patung Romawi dan Yunani. Koleksi tembikar Yunani museum menampilkan contoh tembikar figur hitam dan figur merah yang diproduksi pada abad kelima dan keenam SM. Koleksi sarkofagus Romawi juga dipajang, termasuk peti mati kayu langka dari sekitar 150 m yang diukir sebagian dalam bentuk pria di dalamnya.