L'abbaye de Saint-Pierre a été fondée à la fin du VIIe siècle par Amandus, un missionnaire envoyé par les rois francs pour christianiser les habitants païens de la région, qui a fondé deux monastères dans la région, celui de Saint-Bavon et celui de Saint-Pierre sur le Blandijnberg. Au cours de l'hiver 879-80, l'abbaye a été attaquée et pillée par les Normands, et elle est restée relativement pauvre jusqu'au 10e siècle, lorsque les dons de biens et de reliques du comte Arnulf Ier l'ont considérablement enrichie, tout comme d'autres dons du cousin d'Arnulf, le roi Edgar d'Angleterre. Dans la seconde moitié du siècle, elle était l'abbaye la plus riche de Flandre, et la réputation de l'école abbatiale s'étendait bien au-delà de la ville. En 984, Gerbert d'Aurillac, directeur de l'école cathédrale de Reims, (plus tard le pape Sylvestre II) demanda si des étudiants rémois pouvaient être admis à Saint-Pierre, et sa renommée en tant que centre d'art libéral se poursuivit au XIe siècle. Pierre, grâce à la possession de grandes étendues de terre, a également joué un rôle de pionnier dans la culture au cours des 12e et 13e siècles, transformant les forêts, les landes et les marais en terres agricoles. Au 15e siècle, un programme de construction à grande échelle a permis de créer la bibliothèque et le scriptorium de l'abbaye, d'agrandir le réfectoire, et d'embellir considérablement l'église abbatiale et d'autres bâtiments. Le premier déclin de Saint-Pierre s'amorce à la suite de la révolte de Gand en 1539, et dans les années 1560, les Pays-Bas sont plongés dans une crise religieuse qui se traduit par une attaque des iconoclastes en 1566, au cours de laquelle l'église abbatiale est saccagée, la bibliothèque pillée et d'autres bâtiments gravement endommagés. L'église abbatiale est détruite, la bibliothèque pillée et d'autres bâtiments gravement endommagés. L'infirmerie est utilisée comme logement temporaire pour les moines et le réfectoire comme lieu de culte. Cependant, l'opposition se poursuit et, en 1578, l'abbé et les moines sont contraints de fuir à Douai. Les bâtiments de l'abbaye sont vendus aux enchères publiques et sont partiellement démolis, les matériaux étant utilisés pour construire les murs de la ville. L'abbaye est finalement revenue aux mains de l'église en 1584, et elle a été reconstruite, avec une nouvelle église abbatiale, commencée en 1629, dans le style baroque, ainsi que plusieurs autres constructions et rénovations. Au cours du XVIIIe siècle, l'abbaye a connu un nouvel essor, avec la construction de nouveaux bâtiments et l'agrandissement des anciens, notamment la transformation de l'ancien dortoir en une bibliothèque comptant plus de dix mille livres. Cependant, la fin n'est pas loin, d'abord avec la Révolution brabançonne de 1789-90, puis avec l'invasion française de 1793. Enfin, le 1er septembre 1796, le Directoire abolit toutes les institutions religieuses. En 1798, la bibliothèque est vidée et finit par être transférée à l'Université de Gand. À partir de 1798, l'église abbatiale est utilisée comme musée, mais elle redevient la propriété de l'église en 1801. En 1810, le reste de l'abbaye est devenu la propriété de la ville de Gand, et a été partiellement démoli pour la construction d'une caserne militaire, qui est restée sur le site jusqu'en 1948. Vers 1950, la ville lance un programme de restauration, toujours en cours, qui commence par le cloître et la salle capitulaire, puis l'aile ouest, comprenant l'ancien réfectoire et les cuisines. Les travaux sur les caves et les greniers ont été achevés dans les années 1970, et en 1982 les travaux sur les jardins de l'abbaye ont été achevés, et en 1986 la terrasse. Dans les années 1990, la restauration de l'aile du réfectoire a commencé. L'abbaye est aujourd'hui utilisée comme musée et centre d'exposition, qui a accueilli en 2000 une grande exposition dans le cadre de l'Année de l'Empereur Charles, et en octobre 2001 la 88e réunion du Conseil européen.