Свети Петър е основан в края на 7 век от Аманд, мисионер, изпратен от франкските царе, за да християнизира езическите жители на региона, които основават два манастира в района, Свети Баво и Свети Петър на Бландайнберг. През зимата на 879-80 г. абатството е нападнато и ограбено от норманите и остава сравнително бедно до 10-ти век, когато даренията на собственост и реликви от Граф Арнулф значително го обогатяват, както и по-нататъшните дарения от братовчеда на Арнулф, крал Едгар английски. До втората половина на века това е най-богатото абатство във Фландрия, а репутацията на абатското училище се простира далеч извън града. През 984 г. Гербер от Аурияк, директор на катедралното училище в Реймс (по-късно папа Силвестър втори) пита дали студентите от Реймс могат да бъдат приети в Сейнт Питър и славата му на център на изкуствата либерал продължава до 11 век. Петър, чрез собствеността си върху големи площи земя, също играе пионерска роля в отглеждането през 12-ти и 13-ти век, превръщайки горите, маврите и блатата в земеделска земя. През 15 век мащабна строителна програма създава абатската библиотека и скрипториум, разширява трапезарията, а абатската църква и други сгради са значително разкрасени. Първият упадък на Свети Петър започва след въстанието в Гент през 1539 г.и до 1560 г. ниските страни са потопени в религиозна криза, която води до атака от иконоборци през 1566 г., в която Църквата на абатството е разрушена, библиотеката е ограбена и други сгради са силно повредени. Лечебницата е била използвана като временен дом за монасите, а трапезарията е била използвана като място за поклонение. Въпреки това опозицията продължава и през 1578 г.игуменът и монасите са принудени да избягат в Дуе. Сградите на абатството са продадени на публичен търг и са частично разрушени, като материалите са използвани за изграждане на градските стени. Абатството най-накрая се връща в ръцете на църквата през 1584 г.и в крайна сметка е възстановено с нова абатска църква, започнала през 1629 г., в бароков стил, както и няколко други нови сгради и преустройства. През 18 век абатството отново процъфтява, тъй като са построени нови сгради и по-старите са разширени, включително превръщането на старото общежитие в библиотека с повече от десет хиляди книги. Краят обаче не е далеч, първо с Брабантската революция от 1789-90 г., след това с френската инвазия от 1793 г. На 1 септември 1796 г.Директорията премахва всички религиозни институции. През 1798 г. библиотеката е опразнена и е преместена в Университета в Гент. От 1798 г. абатската църква е използвана като музей, но е върната в собственост на църквата през 1801 г. През 1810 г.останалата част от абатството става собственост на град Гент и е частично разрушена за изграждането на военна казарма, която остава на мястото до 1948 г. Около 1950 г. градът стартира програма за възстановяване, която все още продължава, която започва с манастира и главната къща, след това западното крило, включително старата трапезария и кухни. Работата по винарските изби и тавани е завършена през 1970 г., а през 1982 г. работата по градините на абатството е завършена, а през 1986 г. - терасата. През 1990-те години започва реставрацията на трапезарното крило. Абатството сега се използва като музеен и изложбен център, в който през 2000 г.се помещава голяма изложба като част от годината на император Карл, а през октомври 2001 г. е домакин на 88-ото заседание на Европейския съвет.