Sant Pere va ser fundat a finals del segle 7 Per Amandus, un missioner enviat pels reis Francs Per Cristianitzar els habitants pagans de la regió, que va fundar dos monestirs a La zona, Sant Bavó, i Sant Pere al Blandijnberg. Durant l'hivern del 879-80, l'abadia va ser saquejada i saquejada pels Normands, i va romandre relativament pobre fins al segle 10, quan les donacions de propietats i relíquies del Comte Arnulf i la van enriquir considerablement, igual que altres donacions del cosí D'Arnulf, El Rei Edgard d'Anglaterra. A La segona meitat del segle era l'abadia Més rica de Flandes, i la reputació de l'escola de L'abadia s'estenia molt més enllà de La ciutat. El 984, Gerbert D'Aurillac, director de L'escola de La catedral De Reims, (Més Tard El Papa Silvestre II) va preguntar si els estudiants De Reims podrien ser admesos a Sant Pere, i la seva fama com un centre d'arts liberales va continuar fins al segle 11. Sant Pere, a través de la seva propietat de grans extensions de terra, també va jugar un paper pioner en el cultiu durant els segles 12 i 13, transformant boscos, moros i maresmes en terres de conreu. Al segle 15 un programa de construcció a gran escala va crear la biblioteca de l'abadia i l'scriptorium, va ampliar el refectori, i l'església de l'abadia i altres edificis van ser considerablement embellits. La primera decadència de Sant Pere va començar després de La Revolta de Gant el 1539, i a la dècada de 1560 els Països Baixos es van veure sumits en una crisi religiosa que va donar lloc a un atac d'iconoclastes el 1566 en què l'església de l'abadia va ser destruïda, la biblioteca saquejada, i altres edificis molt danyats. La infermeria va ser posada en servei com a residència temporal per als monjos i el refectori va ser utilitzat com a lloc de culte. No obstant això, l'oposició va continuar i el 1578 l'abat i els monjos es van veure obligats a fugir a Douai. Els edificis de l'abadia es van vendre en subhasta pública i es van demolir en part, els materials que es van utilitzar per construir les muralles de la ciutat. L'abadia finalment va tornar a les mans de l'església el 1584, i va ser finalment reconstruïda, amb una nova església abacial, iniciada el 1629, En estil Barroc, així com diverses altres noves construccions i reformes. Durant el segle 18, l'abadia va tornar a florir, ja que es van construir nous edificis i els més antics es van ampliar, incloent la conversió de l'antic dormitori en una biblioteca amb més de deu mil llibres. No obstant això, el final no estava lluny, primer amb La Revolució Brabant de 1789-90 i després amb la invasió francesa de 1793. Finalment, l ' 1 de setembre de 1796, el Directori va abolir totes les institucions religioses. El 1798 la biblioteca va ser buidada i finalment portada a La Universitat de Gant. Des de 1798 l'església de l'abadia va ser utilitzada com a museu, però va ser retornada a la propietat de l'església el 1801. El 1810, la resta de l'abadia va passar a ser propietat de La ciutat de Gant, i va ser parcialment enderrocada per a la construcció d'una caserna militar, que va romandre en el lloc fins a 1948. Cap al 1950 la ciutat va iniciar un programa de restauració, que encara està en curs, que va començar amb el claustre i la sala capitular, després l'ala oest, incloent l'antic refectori i les cuines. Els treballs sobre els cellers i àtics es van completar en la dècada de 1970, i el 1982 es van completar els treballs sobre els jardins de l'abadia, i el 1986 la terrassa. A la dècada de 1990 va començar la restauració de l'ala del refectori. L'abadia s'utilitza ara com a museu i centre d'exposicions, que el 2000 albergava una exposició important com A Part de l'Any De L'Emperador Carles, i l'octubre de 2001 va acollir la 88a reunió del Consell Europeu.