Svetog Petra osnovao je krajem 7. vijeka Amandus, misionar koji su poslali franački kraljevi da Hristijanizuju paganske stanovnike regije, koji su osnovali dva manastira na tom području, Sveti Bavo i Sveti Petar na Blandijnbergu. Tokom zime 879-80, Opatija je napadnuta i opljačkana od strane Normana, i ostala je relativno siromašna sve do 10.vijeka, kada je donacija imovine i relikvija grofa Arnulfa i značajno obogatila, kao i daljnje donacije Arnulfovog rođaka kralja Edgara od Engleske. Do druge polovine stoljeća to je bila najbogatija Opatija u Flandriji, a ugled opatije škole proširio se daleko izvan grada. 984. godine Gerbert od Aurillaca, direktor katedralne škole u Reimsu, (kasnije papa Sylvester II) raspitivao se da li bi studenti iz Reimsa mogli biti primljeni u sv.Petra, a njegov ugled kao centar artes liberales nastavio se u 11. vijek. Sveti Petar je, kroz svoje vlasništvo nad velikim zemljištima, također odigrao pionirsku ulogu u uzgoju tokom 12.i 13. vijeka, transformirajući šume, močvare i močvare u poljoprivredno zemljište. U 15. veku veliki program izgradnje stvorio je abbey biblioteku i scriptorium, povećao trpezariju, a crkva Opatije i druge zgrade su znatno uljepšane. Prvi pad Svetog Petra počeo je nakon pobune Genta 1539. godine, a do 1560-ih Niske zemlje su uronjene u vjersku krizu koja je rezultirala napadom ikonoklasta 1566.godine u kojoj je crkva abbey uništena, biblioteka opljačkana i druge zgrade teško oštećene. Ambulanta je pritisnuta u službu kao privremeni dom za monahe i trpezariju koja se koristi kao bogomolja. Međutim, opozicija se nastavila i 1578. godine iguman i monasi bili su prisiljeni pobjeći u Douai. Zgrade opatije prodate su na javnoj aukciji i djelimično su srušene, materijali koji se koriste za izgradnju gradskih zidina. Opatija se konačno vratila u ruke crkve 1584. godine, a na kraju je obnovljena, s novom crkvom opatije, započetom 1629.godine, u baroknom stilu, kao i nekoliko drugih novih građevina i renoviranja. Tokom 18.vijeka Opatija je ponovo cvjetala, jer su izgrađene nove zgrade, a starije su povećane, uključujući pretvaranje stare spavaonice u biblioteku s više od deset hiljada knjiga. Međutim, kraj nije bio daleko, prvo Brabantskom revolucijom 1789-90, zatim francuskom invazijom 1793. Konačno, 1. septembra 1796. direktorij je ukinuo sve vjerske institucije. 1798. biblioteka je ispražnjena i na kraju odvedena na Univerzitet u Gentu. Od 1798.godine crkva opatije korištena je kao muzej, ali je vraćena u vlasništvo crkve 1801. godine. 1810.ostatak opatije postao je vlasništvo grada Genta, a djelomično je srušen za izgradnju vojne kasarne, koja je ostala na mjestu do 1948. godine. Oko 1950. godine grad je pokrenuo program restauracije, koji je još u toku, koji je započeo klaustrom i pogla nom kućom, zatim zapadnim krilom, uključujući staru trpezariju i kuhinje. Radovi na vinskim podrumima i tavanima završeni su 1970-ih, a 1982.godine završeni su radovi na vrtovima opatije, a 1986. terasa. 1990-ih započela je restauracija trpezarije. Opatija se sada koristi kao muzej i izložbeni centar, u kojem je 2000.godine bila smještena velika izložba u sklopu godine cara Karla, a u oktobru 2001. bila je domaćin 88. sastanka Evropskog vijeća.