San Pedro foi fundada a finais do século 7 por Amandus, un misioneiro enviados polos reis Francos para Christianize pagáns habitantes da rexión, que fundou dous mosteiros na área, San Bavo, e San Pedro en Blandijnberg. Durante o inverno de 879-80, a abadía foi invadida e saqueada polos Normandos, e mantívose relativamente pobre ata o 10 de século, cando as doazóns de bens e reliquias por Contar Arnulf eu considerablemente enriquecido que, como fixo aínda máis as doazóns por Arnulf primo Rei Edgar de Inglaterra. Por segunda metade do século foi a máis rica abadía en Flandres, e a reputación da abadía escola estendeuse moito máis alá da cidade. En 984, Gerbert de Aurillac, director da escola da catedral de Reims, (máis tarde o Papa Silvestre II) preguntou se os estudantes de Reims podería ser admitido a San Pedro, e a súa fama como un centro de artes liberales continuou ata o século 11. San Pedro, a través da súa propiedade de grandes extensións de terra, tamén xogou un papel pioneiro no cultivo durante os séculos 12 e 13, transformando bosques, mouros e pantanos en terras agrícolas. No século 15 a grande escala programa de construción creado a abadía biblioteca e scriptorium, ampliada a comedor, e a igrexa da abadía e outros edificios foron considerablemente beautified. San Pedro primeiro descenso comezou tras a Revolta de Ghent en 1539, e polo 1560s Países Baixos estaban mergullados nunha crise relixiosa, que deu lugar a un ataque por iconoclasts en 1566, en que a igrexa da abadía foi destruído, a biblioteca saqueados, e outros edificios mal. A enfermería foi presionado en servizo como un fogar temporal para os monxes e o comedor utilizado como un lugar de culto. Con todo oposición continuou e en 1578 o abade e os monxes foron obrigados a fuxir de Douai. A abadía de edificios foron vendidos en poxa pública e foron parcialmente demolida, os materiais a ser usado para construír as murallas da cidade. A abadía finalmente volveu a mans da igrexa en 1584, e foi, finalmente, reconstruída, con unha nova igrexa da abadía, comezou en 1629, en estilo Barroco, así como outros edificios de nova construción e reformas. Durante o século 18, a abadía foi unha vez máis florecente, como novos edificios foron construídos e máis vellos ampliada, incluíndo a conversión do antigo dormitorio en unha biblioteca con máis de dez mil libros. Con todo, o fin non estaba moi lonxe, primeiro coa Brabante Revolución de 1789-90, a continuación, a invasión francesa de 1793. Finalmente, o 1 de setembro de 1796, o Directorio aboliu todos institucións relixiosas. En 1798, a biblioteca foi baleirado e, finalmente tomadas para a Universidade de Ghent. Desde 1798 a igrexa da abadía foi usado como un museo, pero foi devolto á propiedade da igrexa en 1801. En 1810, o resto da abadía, converteuse en propiedade da cidade de Ghent, e foi parcialmente demolida para a construción de un cuartel militar, que permaneceu no lugar ata 1948. Arredor de 1950, a cidade lanzou un programa de restauración, que aínda está en curso, que comezou con o claustro e o capítulo casa, a continuación, o west wing, incluíndo a idade, comedor e cociñas. Traballo nas adegas e faiado foi rematada na década de 1970, e en 1982 traballo sobre a abadía xardíns foi rematada, e en 1986 a terraza. Na década de 1990 restauración do comedor á comezou. A abadía é agora usado como un museo e centro de exposicións, que no ano 2000 abrigaba unha gran exposición como parte do Ano do Emperador Carlos, e en outubro de 2001 acolleu o 88 reunión do Consello Europeo.