ARQUA adalah referensi penting untuk menemukan warisan bawah air Spanyol di dua area besar. Yang pertama, "Warisan Budaya Bawah Air", yang berfokus pada penjelasan metodologi yang digunakan dalam penggalian bawah air. Dua bangunan untuk struktur modern yang mengesankan, terhubung di bawah permukaan tanah dan dirancang untuk menciptakan efek bawah air. Di dalamnya, ruang yang luar biasa ini berisi pameran yang menjelaskan proses arkeologi bawah air itu sendiri yang menarik, dan koleksi artefak eklektik yang berkaitan dengan kapal bersejarah yang digunakan dalam perdagangan maritim Mediterania kuno. Fitur yang menarik adalah replika salah satu kapal Fenisia (abad ke-7 Masehi), yang ditemukan di Mazarrón. Area lainnya, yang dikenal sebagai "Mare Hibericum", mengundang pengunjung untuk menjelajahi Iberian Penisula melalui sejarah perdagangan Mediterania yang dinamis, dari zaman kuno hingga abad ke-19. Ada juga gading gajah dari zaman Fenisia, ditemukan di situs Bajo de la Campana. Ini adalah museum arkeologi bawah air pertama di Spanyol. Beberapa fitur terbaiknya adalah rekonstruksi penampang melintang kapal yang menunjukkan bagaimana kapal-kapal itu dibangun dan bagaimana kargo disimpan. Ada beberapa diorama miniatur yang sangat rinci yang menunjukkan adegan aktivitas pelabuhan dan model kapal dari berbagai era. Tampilan terakhir adalah tentang kapal fregat Spanyol Nuestra Senora de las Mercedes, yang tenggelam di lepas pantai Portugal pada tahun 1804. Bangkai kapal ini melahirkan kasus hukum penting antara pemerintah Spanyol dan perusahaan pemburu harta karun Odyssy Marine Exploration, yang menghasilkan pengembalian artefak hasil jarahan senilai sekitar $500 juta ke Spanyol, termasuk banyak koin tradisional Spanyol yang dipamerkan di museum.