Il Museo Archeologico è collocato in un contesto architettonico straordinario, l’ex-convento del Monastero Maggiore di San Maurizio, fondato nell’VIII secolo d.C., dove la storia di Milano antica mostra ancora visibili le sue tracce. L’area era occupata da un edificio residenziale di I secolo d.C., dalle mura e dal grande circo romano adiacente al palazzo imperiale della fine del III secolo d.C., di cui si sono conservati consistenti resti. Le collezioni sono esposte in diverse sale a seconda della cultura di appartenenza. Al piano terra, superato il primo chiostro (decorazione architettonica di provenienza milanese) si trova la sezione dedicata a Milano Antica. Il percorso di visita continua nel chiostro interno (“la società milanese attraverso le epigrafi") dove è visitabile la torre poligonale (fine III secolo) con affreschi altomedioevali (XIII Secolo). Al piano interrato si possono visitare la sezione di Arte del Gandhara e la sezione Abitare a Mediolanum. Dal chiostro interno del museo, percorrendo la passerella che attraversa le mura romane si raggiunge l'edificio di via Nirone 7, nuovo ampliamento del museo. Al piano terra, accanto alla sala conferenze-didattica è allestito un percorso dedicato alla musica antica (Suoni Silenti. Immagini e strumenti musicali del Civico Museo Archeologico di Milano). Al primo piano è esposta la sezione altomedioevale, al secondo la sezione etrusca mentre il terzo piano è dedicato alla sezione greca. Da una piccola saletta in fondo alla sezione etrusca è possibile gettare uno sguardo alle due torri romane del complesso del Monastero Maggiore. All’interno della torre poligonale delle mura è esposta una scultura donata al Comune di Milano da Mimmo Paladino. Le collezioni Egizia, di Preistoria e Protostoria sono esposte nelle Sale Viscontee del Castello Sforzesco.