Az egyedülálló múzeum a kenyér 6000 éves történetének, mint az emberi kultúra és civilizáció nélkülözhetetlen alapjának szenteli magát. Létrehozását és gyarapodását Willy Eiselen (1896-1981) és fia, Hermann Eiselen (szül. 1926) több évtizedes személyes elkötelezettségének köszönheti. Mindketten sütőipari alapanyagok gyártásával és értékesítésével foglalkoztak, és a sütőipari kereskedelem vezető beszállítói közé tartoztak.
A két vállalkozó 1955-ben Német Kenyérmúzeum néven egyesületként alapította a múzeumot. Az első állandó kiállítás 1960-ból származik. Ez volt az első és sokáig az egyetlen ilyen jellegű múzeum a világon. Szigorúan magánintézmény volt, amelyet az alapítók finanszíroztak. 1991-ben a múzeum finanszírozását az Eiselen Alapítvány, egy független jótékonysági intézmény vette át; ezzel egyidejűleg a múzeum átköltözött a Salzstadelbe, egy történelmi raktárépületbe Ulm központjában.
A múzeum itt virágzott fel, és 2004-ben fogadta egymilliomodik látogatóját.
