San Pedro fue fundada a finales del siglo VII por Amandus, un misionero enviado por los reyes francos para cristianizar a los habitantes paganos de la región, que fundó dos monasterios en la zona, el de San Bavón y el de San Pedro en el Blandijnberg. Durante el invierno de 879-80, la abadía fue asaltada y saqueada por los normandos, y permaneció relativamente pobre hasta el siglo X, cuando las donaciones de propiedades y reliquias del conde Arnulfo I la enriquecieron considerablemente, al igual que otras donaciones del rey Edgar de Inglaterra, primo de Arnulfo. En la segunda mitad del siglo era la abadía más rica de Flandes, y la reputación de la escuela abacial se extendía mucho más allá de la ciudad. En el año 984, Gerbert de Aurillac, director de la escuela de la catedral de Reims, (más tarde Papa Silvestre II) preguntó si los estudiantes de Reims podían ser admitidos en San Pedro, y su renombre como centro de artes liberales continuó hasta el siglo XI. San Pedro, gracias a su propiedad de grandes extensiones de tierra, también desempeñó un papel pionero en el cultivo durante los siglos XII y XIII, transformando bosques, páramos y pantanos en tierras de cultivo. En el siglo XV, un programa de construcción a gran escala creó la biblioteca y el scriptorium de la abadía, amplió el refectorio y embelleció considerablemente la iglesia abacial y otros edificios. La primera decadencia de San Pedro comenzó tras la Revuelta de Gante en 1539, y en la década de 1560 los Países Bajos estaban sumidos en una crisis religiosa que desembocó en un ataque de los iconoclastas en 1566, en el que la iglesia abacial fue destrozada, la biblioteca saqueada y otros edificios gravemente dañados. La enfermería se utilizó como hogar temporal para los monjes y el refectorio como lugar de culto. Sin embargo, la oposición continuó y en 1578 el abad y los monjes se vieron obligados a huir a Douai. Los edificios de la abadía se vendieron en subasta pública y fueron parcialmente demolidos, utilizándose los materiales para construir las murallas de la ciudad. En 1584, la abadía vuelve a estar en manos de la Iglesia y se reconstruye, con una nueva iglesia abacial, iniciada en 1629, de estilo barroco, así como otras construcciones y remodelaciones. Durante el siglo XVIII, la abadía volvió a florecer, ya que se construyeron nuevos edificios y se ampliaron los más antiguos, incluida la conversión del antiguo dormitorio en una biblioteca con más de diez mil libros. Sin embargo, el final no tardó en llegar, primero con la Revolución de Brabante de 1789-90 y luego con la invasión francesa de 1793. Finalmente, el 1 de septiembre de 1796, el Directorio abolió todas las instituciones religiosas. En 1798 la biblioteca fue vaciada y finalmente trasladada a la Universidad de Gante. A partir de 1798, la iglesia abacial se utilizó como museo, pero volvió a ser propiedad de la iglesia en 1801. En 1810, el resto de la abadía pasó a ser propiedad de la ciudad de Gante, y fue parcialmente demolida para la construcción de un cuartel militar, que permaneció en el lugar hasta 1948. Hacia 1950, la ciudad puso en marcha un programa de restauración, aún en curso, que comenzó con el claustro y la sala capitular, y luego con el ala oeste, que incluye el antiguo refectorio y las cocinas. En los años 70 se terminaron las obras de las bodegas y los áticos, y en 1982 las de los jardines de la abadía, y en 1986 las de la terraza. En los años 90 se inició la restauración del ala del refectorio. La abadía se utiliza actualmente como museo y centro de exposiciones, que en el año 2000 albergó una gran exposición en el marco del Año del Emperador Carlos, y en octubre de 2001 acogió la 88ª reunión del Consejo Europeo.