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St. Peter's foi fundada no final do século 7 por Amandus, um missionário enviado pelos reis francos para cristianizar os habitantes pagãos da região, que fundou dois mosteiros na área, St.Bavo's e St. Peter's no Blandijnberg. Durante o inverno de 879-80, a abadia foi invadida e saqueada pelos Normandos, e permaneceu relativamente pobre até o século 10, quando doações de propriedades e relíquias do Conde Arnulf i a enriqueceram consideravelmente, assim como outras doações do primo de Arnulf Rei Edgar da Inglaterra. Na segunda metade do século, era a Abadia mais rica da Flandres, e a reputação da escola da Abadia se estendia muito além da cidade.
Em 984, Gerberto de Aurillac, diretor da escola Catedral de Reims, (mais tarde Papa Silvestre II) perguntou se os alunos de Reims poderiam ser admitidos em São Pedro, e sua fama como centro de artes liberales continuou até o século XI. São Pedro, através de sua propriedade de grandes extensões de terra, também desempenhou um papel pioneiro no cultivo durante os séculos 12 e 13, transformando florestas, mouros e pântanos em terras agrícolas. No século XV, um grande programa de construção criou a Biblioteca da Abadia e o scriptorium, ampliou o refeitório e a Igreja da Abadia e outros edifícios foram consideravelmente embelezados.
O primeiro declínio de São Pedro começou após a Revolta de Ghent em 1539, e na década de 1560 Os Países Baixos mergulharam em uma crise religiosa que resultou em um ataque de iconoclastas em 1566 em que a Igreja da abadia foi destruída, a biblioteca saqueada e outros edifícios gravemente danificados. A enfermaria foi colocada em serviço como um lar temporário para os monges e o refeitório usado como local de culto. No entanto, a oposição continuou e em 1578 o abade e os monges foram forçados a fugir para Douai. Os edifícios da Abadia foram vendidos em leilão público e foram parcialmente demolidos, sendo os materiais usados para construir as muralhas da cidade. A Abadia finalmente voltou às mãos da Igreja em 1584, e acabou sendo reconstruída, com uma nova Igreja da Abadia, iniciada em 1629, em estilo Barroco, bem como várias outras novas construções e reformas. Durante o século 18, a Abadia estava mais uma vez florescendo, à medida que novos edifícios foram construídos e os mais antigos ampliados, incluindo a conversão do antigo dormitório em uma biblioteca com mais de dez mil livros.
No entanto, o fim não estava longe, primeiro com a Revolução Brabante de 1789-90, depois a invasão francesa de 1793. Finalmente, em 1 de setembro de 1796, o diretório aboliu todas as instituições religiosas. Em 1798, a Biblioteca foi esvaziada e eventualmente levada para a Universidade de Ghent. A partir de 1798, a Igreja da abadia foi usada como Museu, mas foi devolvida à propriedade da Igreja em 1801. Em 1810, o resto da Abadia tornou-se propriedade da cidade de Ghent e foi parcialmente demolida para a construção de um quartel militar, que permaneceu no local até 1948.
Por volta de 1950, a cidade lançou um programa de restauração, que ainda está em andamento, que começou com o claustro e a casa do capítulo, depois a ala oeste, incluindo o antigo refeitório e cozinhas. O trabalho nas adegas e Sótãos foi concluído na década de 1970 e, em 1982, o trabalho nos jardins da abadia foi concluído e, em 1986, o terraço. Na década de 1990, começou a restauração da ala do refeitório.
A Abadia agora é usada como um museu e centro de exposições, que em 2000 abrigou uma grande exposição como parte do ano do Imperador Carlos, e em outubro de 2001 sediou a 88ª reunião do Conselho Europeu.
