Legata alla figura dell’Abate Gioacchino da Fiore, l’abbazia è stata edificata dopo la sua morte, tra il 1215 e il 1234, ma è riuscita a mantenere intatte tutte le caratteristiche delle architetture gioachimite. A partire dalla sua collocazione spaziale, in un luogo isolato per i tempi, ma in pieno centro storico oggi, a più di 1000 metri d’altezza; all’impiego della risorsa litica locale e di maestranze interne. Insomma, tutti elementi che rimandano allo stile di vita semplice e austero del Santo, rinvenibili, tra l’altro, nei suoi scritti, in cui presentava le tre principali attività dell’uomo: il lavoro manuale, la dottrina e la preghiera.
Il fatto che tutte le chiese abbiano pressoché la stessa struttura, fa presupporre l’esistenza di una vera e propria scuola, con il suo linguaggio architettonico. Quella di San Giovanni in Fiore, nello specifico, è ad un’unica navata, con le pareti spoglie, così come prevedeva l’ideale di povertà; l’altare è barocco e ha una statua lignea di San Giovanni Battista, e i 4 rosoni presenti alle sue spalle conferiscono una sorprendente atmosfera con un gioco di luci e ombre; in cima alla scalinata, a destra dell’altare, è conservata, nella cripta, l’urna con le spoglie di Gioacchino da Fiore, su cui è inciso un versetto dantesco a lui dedicato: “…e lucemi da lato, il calavrese abate Giovacchino, di spirito profetico dotato”. Le sale dell’Abbazia ospitano dal 1982 il Centro Internazionale di Studi Gioachimiti, mentre il pian terreno e il primo piano dell’ala est ospitano uno tra i musei etnografici più interessanti del Sud Italia: il Museo Demologico dell’Economia, del Lavoro e della Storia Sociale Silana, inaugurato nel 1984.