Die Abtei St. Peter wurde im späten 7. Jahrhundert von Amandus gegründet, einem Missionar, der von den fränkischen Königen ausgesandt wurde, um die heidnischen Bewohner der Region zu christianisieren, und der in der Gegend zwei Klöster gründete, das Kloster St. Bavo und das Kloster St. Peter auf dem Blandijnberg. Im Winter 879-80 wurde die Abtei von den Normannen überfallen und geplündert und blieb bis zum 10. Jahrhundert relativ arm, als Schenkungen von Gütern und Reliquien durch Graf Arnulf I. sowie weitere Schenkungen durch Arnulfs Cousin König Edgar von England die Abtei erheblich bereicherten. In der zweiten Hälfte des Jahrhunderts war sie die reichste Abtei Flanderns, und der Ruf der Klosterschule reichte weit über die Stadt hinaus.
Im Jahr 984 erkundigte sich Gerbert von Aurillac, Leiter der Kathedralschule von Reims (später Papst Sylvester II.), ob Studenten aus Reims in St. Peter aufgenommen werden könnten, und der Ruf der Abtei als Zentrum der artes liberales hielt bis ins 11. Durch den Besitz großer Ländereien spielte St. Peter im 12. und 13. Jahrhundert auch eine Vorreiterrolle in der Landwirtschaft, indem es Wälder, Moore und Sümpfe in Ackerland umwandelte. Im 15. Jahrhundert wurden im Rahmen eines groß angelegten Bauprogramms die Klosterbibliothek und das Skriptorium eingerichtet, das Refektorium vergrößert und die Klosterkirche sowie andere Gebäude erheblich verschönert.
Der erste Niedergang von St. Peter begann nach dem Aufstand von Gent im Jahr 1539, und in den 1560er Jahren gerieten die Niederlande in eine religiöse Krise, die 1566 in einem Angriff von Ikonoklasten mündete, bei dem die Abteikirche zerstört, die Bibliothek geplündert und andere Gebäude schwer beschädigt wurden. Die Krankenstation wurde als provisorische Unterkunft für die Mönche genutzt und das Refektorium diente als Gottesdienstraum. Der Widerstand hielt jedoch an und 1578 waren der Abt und die Mönche gezwungen, nach Douai zu fliehen. Die Abteigebäude wurden öffentlich versteigert und teilweise abgerissen, wobei das Material für den Bau der Stadtmauern verwendet wurde. Die Abtei ging schließlich 1584 wieder in den Besitz der Kirche über und wurde schließlich mit einer neuen Abteikirche im Barockstil, die 1629 begonnen wurde, sowie mit mehreren anderen Neu- und Umbauten wiederaufgebaut. Im 18. Jahrhundert erlebte die Abtei eine erneute Blütezeit, als neue Gebäude errichtet und ältere erweitert wurden, darunter der Umbau des alten Dormitoriums in eine Bibliothek mit mehr als zehntausend Büchern.
Das Ende der Abtei war jedoch nicht mehr fern, zunächst mit der Brabanter Revolution von 1789-90, dann mit der französischen Invasion von 1793. Am 1. September 1796 hob das Direktorium schließlich alle religiösen Einrichtungen auf. Im Jahr 1798 wurde die Bibliothek geleert und schließlich an die Universität Gent übergeben. Ab 1798 wurde die Abteikirche als Museum genutzt, ging aber 1801 wieder in den Besitz der Kirche über. Im Jahr 1810 ging der Rest der Abtei in den Besitz der Stadt Gent über und wurde für den Bau einer Kaserne, die bis 1948 auf dem Gelände stand, teilweise abgerissen.
Um 1950 begann die Stadt mit der Restaurierung des Kreuzgangs und des Kapitelsaals sowie des Westflügels mit dem alten Refektorium und den Küchen, die bis heute andauern. Die Arbeiten an den Weinkellern und Dachböden wurden in den 1970er Jahren abgeschlossen, 1982 wurden die Arbeiten an den Klostergärten und 1986 an der Terrasse beendet. In den 1990er Jahren wurde mit der Restaurierung des Refektoriumsflügels begonnen.
Die Abtei wird heute als Museum und Ausstellungszentrum genutzt, in dem im Jahr 2000 eine große Ausstellung im Rahmen des Kaiser-Karl-Jahres zu sehen war und im Oktober 2001 die 88.
