Navnet på Allard Pierson Museum stammer fra den første professor i klassisk arkæologi ved Universitetet i Amsterdam, Allard Pierson (1831-1896). Denne tidligere præst blev inviteret i 1877 til at besætte stolen for Æstetik, Kunsthistorie og moderne sprog på det nystiftede Universitet. Hans lidenskab for antikken, drevet af hans rejser til Middelhavsområdet, førte til, at han samlede en samling gipsafstøbninger fra 1877 til 1895.
Den anden professor i arkæologi ved Universitetet i Amsterdam, Jan seks, havde en stor personlig samling af bøger og antikke genstande. Ved hans død i 1926 havde universitetet interesse i at erhverve sin samling. I 1932 etablerede Piersons søn Allard Pierson Foundation for at gøre antikvitetssamlingen tilgængelig til forskning og undervisning. Samlingen blev bragt til en bygning i Amsterdam, hvor øverste etage fungerede som museum.
Samlingen voksede på grund af køb, gaver og lån af artefakter og dokumenter. Den 12.November 1934 blev Allard Pierson Museum officielt åbnet i en bygning kl Sarphatistraat 129-131 (hjørne af Roeterstraat). Museet voksede til sidst ud af sin bygning. En ny bygning blev tilgængelig, da Nederlandse Bank forlod deres kontor på Oude Turfmarkt i 1976. H. R. H. Prinsesse Beatrice deltog i genåbningen af museet den 6. oktober 1976.
Museet har samlinger relateret til de gamle civilisationer i Egypten, Mellemøsten, den græske verden, Etruria og Det Romerske Imperium. Samlingerne inkluderer kunstgenstande og redskaber fra 4000 f.kr. til 500 E. kr. Der er også skala modeller af gamle templer og bygninger. I udstillingen i det gamle Egypten er der et rum dedikeret til døden med mumier, sarkofager og en film, der viser mumificeringsprocessen. Det gipsstøbte loft, der kun skal besøges med en guidet tur, viser kopier af romerske og græske statuer. Museets græske keramiksamling indeholder eksempler på sortfigur og rødfigur keramik produceret i det femte og sjette århundrede f.kr. En samling af romerske sarkofager er også udstillet, herunder en sjælden trækiste fra omkring 150 E.kr., Der er udskåret delvist i form af manden i den.
