Namnet på Allard Pierson Museum härstammar från den första professorn i klassisk arkeologi vid universitetet i Amsterdam, Allard Pierson (1831-1896). Denna före detta präst blev inbjuden 1877 att ockupera stolen för estetik, konsthistoria och moderna språk vid det nybildade universitetet. Hans passion för antiken, som drivs av hans resor till Medelhavsområdet, ledde till att han samlade en samling gipsgjutningar från 1877 till 1895.
Den andra professorn i arkeologi vid universitetet i Amsterdam, Jan Six, hade en stor personlig samling böcker och antika föremål. Vid sin död 1926 hade universitetet intresse av att förvärva sin samling. 1932 grundade Piersons son Jan Lodewijk Allard Pierson Foundation för att göra antikvitetssamlingen tillgänglig för forskning och undervisning. Samlingen fördes till en byggnad på Weesperzijde i Amsterdam, med översta våningen som ett museum.
Samlingen växte på grund av inköp, gåvor och lån av artefakter och dokument. Den 12 November 1934 öppnades Allard Pierson Museum officiellt i en byggnad kl Sarphatistraat 129-131 (hörnet av Roeterstraat). Museet växte så småningom ut sin byggnad. En ny byggnad blev tillgänglig när Nederlandse Bank lämnade sitt kontor på Oude Turfmarkt 1976. H. R. H. Prinsessan Beatrix deltog i återöppningen av museet den 6 oktober 1976.
Museet har samlingar relaterade till de forntida civilisationerna i Egypten, Främre Orienten, den grekiska världen, Etrurien och det romerska riket. Samlingarna inkluderar konstföremål och redskap från 4000 f.Kr. till 500 e. Kr. Det finns också skalmodeller av gamla tempel och byggnader. I utställningen Ancient Egypt finns ett rum tillägnad döden, med mumier, sarkofager och en film som visar mumifieringsprocessen. Den gipsgjutna vinden, som endast besöks med en guidad tur, visar kopior av romerska och grekiska statyer. Museets grekiska keramiksamling innehåller exempel på svartfigur och rödfigur keramik producerad under femte och sjätte århundradet f.Kr. En samling romerska sarkofager visas också, inklusive en sällsynt träkista från omkring 150 e.Kr. som är huggen delvis i form av mannen i den.
