Allard Pierson Müzesi'nin adı Amsterdam Üniversitesi'ndeki ilk klasik arkeoloji profesörü Allard Pierson'dan (1831-1896) gelmektedir. Bu eski din adamı 1877'de yeni kurulan üniversitede Estetik, Sanat Tarihi ve Modern Diller kürsüsünü işgal etmeye davet edildi. Akdeniz bölgesine yaptığı seyahatlerle beslenen antik çağa olan tutkusu, 1877'den 1895'e kadar bir alçı koleksiyonu toplamasına yol açtı.
Amsterdam Üniversitesi'ndeki ikinci arkeoloji profesörü, Altı Ocak'ta büyük bir kişisel kitap ve antika eşya koleksiyonuna sahipti. 1926'daki ölümünde, üniversite koleksiyonunu edinmeye ilgi duyuyordu. 1932'de Pierson'un oğlu Jan Lodewijk, eski eserler koleksiyonunu araştırma ve öğretime sunmak için Allard Pierson Vakfı'nı kurdu. Koleksiyon Amsterdam'daki Weesperzijde üzerinde, en üst katı müze olarak hizmet veren bir binaya getirildi.
Koleksiyon, eserler ve belgelerin alımları, hediyeleri ve kredileri nedeniyle büyüdü. 12 Kasım 1934'te Allard Pierson Müzesi resmen Sarphatstraat 129-131'de (Roeterstraat'ın köşesi) bir binada açıldı. Müze sonunda binasını aştı. Nederlandse Bankası 1976'da Oude Turfmarkt'taki ofisini boşalttığında yeni bir bina kullanıma sunuldu. H.R.H. Princess Beatrix, 6 Ekim 1976'da müzenin yeniden açılışına katıldı.
Müze, Mısır, Yakın Doğu, Yunan Dünyası, Etrurya ve Roma İmparatorluğu'nun eski uygarlıkları ile ilgili koleksiyonlara sahiptir. Koleksiyonlarda M.Ö. 4000'den M.S. 500'e kadar uzanan sanat objeleri ve mutfak eşyaları bulunmaktadır. Antik tapınak ve binaların ölçekli modelleri de vardır. Eski Mısır sergisinde mumyalar, lahitler ve mumyalanma sürecini gösteren bir filmle ölüme adanmış bir oda var. Sadece rehberli bir turla ziyaret edilebilecek alçı döküm çatı katı, Roma ve Yunan heykellerinin kopyalarını göstermektedir. Müzenin Yunan çanak çömlek koleksiyonunda MÖ beşinci ve altıncı yüzyıllarda üretilen siyah figürlü ve kırmızı figürlü çanak çömlek örnekleri yer almaktadır. Ayrıca, kısmen içindeki adam şeklinde oyulmuş, MS 150 civarında nadir bulunan ahşap bir tabut da dahil olmak üzere, Roma lahitlerinden oluşan bir koleksiyon sergilenmektedir.
