Az Allard Pierson Múzeum neve a klasszikus régészet első professzorától származik Amszterdami Egyetem, Allard Pierson (1831-1896). Ezt az egykori lelkészt 1877-ben meghívták az újonnan alapított egyetem esztétika, művészettörténet és Modern nyelvek Tanszékének elfoglalására. Az ókor iránti szenvedélye, amelyet a mediterrán térségbe tett utazásai tápláltak, oda vezetett, hogy 1877-től 1895-ig gipszgyűjteményt állított össze.
Az Amszterdami Egyetem régészetének második professzora, Jan Six, nagy személyes könyvgyűjteménnyel és antik tárgyakkal rendelkezett. 1926-ban bekövetkezett halálakor az egyetem érdekelt volt gyűjteményének megszerzésében. 1932-ben Pierson fia, Jan Lodewijk megalapította az Allard Pierson Alapítványt annak érdekében, hogy a régiségek gyűjteményét kutatási és oktatási célokra elérhetővé tegye. A gyűjteményt az Amszterdami Weesperzijde épületébe vitték, a legfelső emelet múzeumként szolgál.
A gyűjtemény nőtt a vásárlások, ajándékok, valamint a tárgyak és dokumentumok kölcsönzése miatt. November 12-én 1934-ben az Allard Pierson Múzeumot hivatalosan megnyitották a Sarphatistraat 129-131 épületében (a Roeterstraat sarkában). A múzeum végül kinőtte épületét. Új épület vált elérhetővé, amikor a Nederlandse Bank 1976-ban kiürítette irodáját az Oude Turfmarkt-ban. H. R. H. Princess Beatrix részt vett az újbóli megnyitása a Múzeum október 6-án 1976.
A múzeum gyűjteményei Egyiptom, a Közel-Kelet, a görög világ, Etruria és a római birodalom ősi civilizációival kapcsolatosak. A gyűjtemények közé tartoznak a műtárgyak és eszközök, amelyek KR.e. 4000-től 500-ig nyúlnak vissza. Vannak régi templomok és épületek méretarányos modelljei is. Az ókori Egyiptom kiállításon van egy halálnak szentelt szoba, múmiákkal, szarkofágokkal, valamint egy film, amely bemutatja a mumifikáció folyamatát. A gipszöntött padlás, amelyet csak vezetett túrával lehet meglátogatni, Római és görög szobrok másolatait mutatja be. A múzeum görög kerámia gyűjteménye példákat mutat be a Kr.e. ötödik és hatodik században előállított fekete és vörös alakú kerámiákra. Római szarkofágok gyűjteménye is látható, köztük egy ritka fakoporsó KR.U. 150 körül, amelyet részben a benne lévő ember alakjában faragtak.
