La primera fortificació en aquest lloc va ser una torre de base quadrangular, construïda entre 1583 i 1585 per L'arquitecte Florentí Camillo Camillani per L'ordre De Marcantonio Ii Colonna El Jove, Virrei De Sicília, com a part d'un pla de defensa de La costa Siciliana. La construcció de L'actual fortalesa va ser iniciada el 1615 Per Hernando Petigno, comandant general de La Cavalleria Reial De Sicília i Governador Militar de Siracusa. La torre més antiga va ser incorporada al nou fort. La construcció es va interrompre fins al 1636, quan les obres es van reprendre sota La direcció De Serpione Cottone, Marquès d'Altamura. El fort va ser completat i obert el 1640 i és un rar exemple d'una fortalesa barroca de la qual diversos van sorgir A Sicília al segle 17. Fort Sant'Angelo mai va ser atacat i va ser desmilitaritzat al segle 19 quan va ser utilitzat com a lloc per a un telègraf del govern des de 1849 fins a 1856. A principis de la dècada de 1900 el fort va ser aquarterat per La Força Aèria i el fort es va convertir en un far. El Matí del 10 de juliol de 1943, l'Anomenat Dia D per al desembarcament Anglo-Americà a Sicília, El Fort Sant'Angelo va ser bombardejat pel creuer lleuger NORD-americà USS I el destructor USS Uss. Això va causar molts danys que van ser reparats més tard. El 1965 es va suspendre el funcionament del far i es va abandonar el fort.