בזיליקת סן דניס נבנתה במקום בית קברות בו נקבר דיוניסיוס, הבישוף הראשון של פריז, בסביבות שנת 250. על פי האגדה, הקדוש נערף על ידי הרומאים או על צ ' ללה דה לה סיטיטון או מונמארטר. לאחר ההוצאה להורג הרים דיוניסיוס את ראשו והלך כל הדרך לכאן. המנזר דיוניסיוס (או דניס בצרפתית) נערץ במהרה ואתר קברו הפך ליעד עלייה לרגל. אורטוריה נבנתה על קברו כבר במאה הרביעית. בשנת 475 סנט ז ' נבייב, הקדוש הפטרון של פריז, הורה על בניית א מִנזָר עם כנסייה, שהורחבה בשנת 630 על ידי המלך דגוברט הראשון. לאחר קבורתו בשנת 639 הועלה המנזר לדרגת מנזר. קשרים מלכותיים שלטונו של המלך דגוברט הראשון סימן את תחילתו של קשר הדוק בין המנזר למלכים הצרפתים. כמעט כל המלכים והמלכות של צרפת, עד המלך לואי השמונה עשר בשנת 1824, מצאו את מקום מנוחתם האחרון בסן-דניס. המנזר הבנדיקטיני של סן-דניס הפך למנזר החזק ביותר בכל צרפת והמנזרים היו לעתים קרובות ביחסים אישיים עם המלוכה. המפורסם והמשפיע ביותר מבין אב המנזר של סן דניס היה אב המנזר סוגר, יועץ המלכים לואי השישי ולואי השביעי. בסביבות 1135 החל בפרויקט בנייה שהפך את כנסיית המנזר ליצירת מופת של אדריכלות גותית מוקדמת. זה היה המבנה הראשון בעולם והארכיטקטורה שלו השפיעה על מבנים כנסייתיים רבים אחרים, כולל נוטרדאם. המהפכה הצרפתית המהפכה הצרפתית של 1789 סיימה את כוחו של מנזר סן דניס. המנזר, סמל המלוכה, נהרס לחלוטין בשנת 1792; רק הכנסייה נותרה עומדת. המהפכנים פגעו קשות גם בפסלי הכנסייה, בפנים ובקברים. למרבה המזל אנדרטאות הקבר הרבות אוחסנו בבטחה. הכנסייה שוחזרה באמצע המאה התשע עשרה על ידי ויולט-לה-דוק, אותו אדריכל האחראי לשיקום נוטרדאם. הכנסייה הכנסייה היא יצירת מופת של אדריכלות מימי הביניים. איננו יודעים מי היו הבונים החופשיים שבנו את המבנה המפואר, אך חושבים כי אב המנזר סוגר היה אחראי בחלקו לעיצוב. המקהלה והחזית המערבית היו כה מרשימים שהפכו לתבנית לקתדרלות חדשות בצרפת ומחוצה לה. רק אחד משני המגדלים של החזית המערבית (הקדמית) עדיין עומד. המגדל הצפוני נהרס זמן קצר לאחר בנייתו לאחר שנפגע מברק. מגדל צפוני חדש נבנה אך נהרס במאה התשע עשרה מאז שהיה על סף התמוטטות. בחזית הקדמית שלושה פורטלים במקום רק אחד שהיה הנורמה באותה תקופה. חידוש נוסף היה המסלול המשובח של חלון הוורדים שאיפשר יותר אור להיכנס לבניין. החזית עוטרה בפסלים רבים, שרובם נהרסו במהלך המהפכה הצרפתית. פנים בכנסייה יש חמש ספינות במקום שלוש הספינות הרגילות דאז. הכנסייה הייתה מהפכנית במובן שחידושים אדריכליים רבים הביאו ליצירת חלונות גדולים וגדולים יותר, שהביאו לחלל פנים בהיר ובהיר יותר. הכנסייה התפארה גם בקמרונות צולבים, והמקהלה המרווחת עם אמבולטורי כפול קבעה את הנורמה לבניית כנסיות חדשה. רבים מחלונות הזכוכית הצבעונית עדיין מקוריים. אחרים נהרסו במהלך המהפכה הצרפתית והוחלפו במאה התשע עשרה. בית הקברות המלכותי הודות למיקומה ככנסיית הקבר של המלכים הצרפתים, בזיליקת סן דניס היא כיום ביתם של יותר משבעים פסלים וקברים של מלכות. בסך הכל יש 42 מלכים, 32 מלכות ו 63 נסיכים ונסיכות קבור בכנסייה. הודות לאוסף המונומנטים הגדול שנוצר במשך מאות שנים, אתה מקבל מושג טוב על התפתחות אמנות הקבורה מימי הביניים ועד המאה התשע עשרה. לא נותר דבר מהקברים המוקדמים מימי הביניים, שכן המלך לואי התשיעי החליט בסביבות שנת 1263 לשפץ את כל קברי קודמיו. הפסלים הקדומים ביותר מהמאה השלוש עשרה מציגים דמויות שכיבה אידיאליות של הנפטר. עם השנים הפסלים הפכו למציאותיים יותר. הפסל בטרנספט הדרומי של צ ' ארלס החמישי, שמת בשנת 1380, הוא הדיוקן הריאליסטי הראשון. הוא נוצר בשנת 1364, ביום בו הוכתר למלך. במהלך רֵנֵסַנס אנדרטאות הקבורה נעשו משוכללות יותר שהגיעו לשיאן במונומנטים גרנדיוזיים המעוטרים בפסלים רבים. דוגמאות בולטות הן קבריהם של לואי השנים עשר ואשתו אן דה ברטאן (1515); אנרי השני ואשתו קתרין דה מדיצ' י (1573); וקבר פרנסיס הראשון (1558), כל יצירות המופת של פיסול הרנסנס. פסלה של קתרין דה מדיצ' י היה כה מציאותי עד שהמלכה סירבה לכך והזמינה לעצמה ולבעלה המנוח אנדרטת קבר נוספת, עם פסלים אידיאליים יותר. בתקופת הבארוק הוחלפו הדמויות השכיבות בפסלים של דמויות כורעות, כמו הפסלים המתפללים של לואי השישה עשר האומללים ומארי אנטואנט בטרנספט הדרומי. הם נוצרו בסביבות 1830, כאשר שרידי המלך והמלכה חזרו לסן-דניס מבית העלמין מדלן בפריס. שרידיהם נמצאים בקבר נפרד בקריפטה. פסל ההלוויה העתיק ביותר הוא זה של המלך המרובינגיאני צ ' ילדברט הראשון, במקהלה. בקרבת מקום נמצאים קבריהם של קלוביס - המלך הפרנקי הנוצרי הראשון-ופרדגונד (נפטר 597), אשתו השלישית של המלך צ ' ילפריק הראשון. הקברים המלכותיים ממוקמים בקריפטה, במקהלה ובטרנספטים של הכנסייה. קטע זה מופרד מהשאר על ידי גדר. הכניסה לקברים נמצאת בחוץ, בפורטל הדרומי.