La Chiesa Madre, dedicata a Santa Maria della Natività, rappresenta per Noci il centro catalizzatore di tutte le vicende storiche, religiose e civili. Le sue origini non sono ancora chiare. Essa ha costituito la prima entità storica di Noci: i suoi devoti costruttori la denominarono Sancta Maria de Nucibus, dedicandola alla Vergine Maria e ricavando il titolo dai numerosissimi alberi di noci che la circondavano. Intorno alla chiesa si formò il primo nucleo abitato che nel giro di qualche secolo venne identificato come Casale di Santa Maria delle Noci. Nel 1180 l'arcivescovo Rainaldo di Bari, in nome di papa Alessandro III, riconosce la chiesa di Sancta Maria de Nucibus sotto la giurisdizione di Cafisio, vescovo di Conversano; nel 1240, per ordine dell'imperatore Federico II, gli uomini di Noci sono obbligati a contribuire alle spese per la riparazione del castello di Ruvo. L'antica storiografia locale e la tradizione facevano risalire la costruzione della chiesa al 1316, opera del Principe di Taranto Filippo I d'Angiò in onore della Madonna. Una leggenda narra che il principe venuto a caccia nei boschi di Noci fu sorpreso da un violento temporale che metteva a repentaglio la sua stessa vita. Rifugiatosi sotto un albero di noci fece voto che se fosse scampato al pericolo avrebbe eretto una chiesa in onore della Madonna. Certo è che gli Angioini influenzarono non poco lo sviluppo urbano di Noci. Già nel 1470 la chiesa venne ampliata ad opera del conte di Conversano Giuliantonio Acquaviva. Nel tempo si sono susseguiti altri rifacimenti ed ampliamenti, specialmente nei secoli XVIII e XIX, che hanno modificato la primitiva struttura gotica della chiesa. Il prospetto subì gli ultimi interventi nel 1826 quando fu apposto il grosso timpano di stile classico. Il campanile, alto circa 35 metri, fu costruito, al posto del preesistente, tra il 1758 e il 1761 ad opera di muratori nocesi su disegno dell'architetto Magarelli di Monopoli. L'interno della chiesa, a tre navate con l'altare e il coro ben rialzati, è arricchito da numerose opere d'arte in tela e in pietra. Si fanno notare, in particolar modo, il polittico lapideo policromo, molto probabilmente della scuola di Nuzzo Barba da Galatina (fine sec. XV), posto nel transetto alle spalle dell'altare maggiore, e la Madonna in trono col Bambino nella Cappella della Vergine di Loreto, opera attribuita allo scultore Stefano da Putignano (sec. XVI). Interessante il ciclo pittorico degli affreschi della cappella della SS. Trinità - in fondo alla navata destra della Chiesa - risalente alla fase tardogotica della Matrice.
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