Ang Hong Kong Museum ng Kasaysayan ay itinatag noong hulyo 1975 kapag ang City Museum at Art Gallery ay nahahati sa Hong Kong Museum ng Kasaysayan at Hong Kong Museum of Art. Ngunit ang ilan sa mga koleksyon ng museo ng petsa pabalik sa museo ng lungsod at Art Gallery itinatag noong 1962 sa bulwagan ng lungsod. Sa 1983, ang museo ay inilipat sa pansamantalang tirahan sa Kowloon Park. Ito ay inilipat sa kanyang kasalukuyang lugar sa Tsim Sha Tsui noong 1998. Ang permanenteng tahanan ng Hong Kong Museum ng Kasaysayan, na may gross na palapag lugar ng 17,500 m2, ay housed sa isang bagong gusali batay sa arkitektura konsepto ng Mr E. Verner Johnson. Ang bagong museo at ang kalapit na agham museo magkasama bumuo ng isang museo kumplikadong ng isang maayos na hitsura at pamamaraan ng kulay.