Osnivanje Zoološke stanice datira iz marta 1872. Anton Dohrn, osnivač i prvi direktor, rođen je u Stettinu, u Pomeraniji, danas u sastavu Poljske, 1840. godine, u porodici srednje klase. Dohrn je studirao zoologiju i medicinu na raznim njemačkim univerzitetima, ali bez puno entuzijazma. Njegovi ideali su se promijenili u ljeto 1862. kada je stigao u Jenu i tamo susreo Ernsta Haeckel-a koji ga je upoznao sa djelima i teorijama Charlesa Darwina. Dohrn je postao vatreni branilac Darwinove teorije o "poreklu s modifikacijom", teorije evolucije prirodnom selekcijom. Tada je odlučio da svoj život posveti prikupljanju činjenica i ideja u prilog darvinizmu, i to je postalo početna tačka doživotne avanture. Tokom svoje univerzitetske karijere proveo je istraživačke periode na morskoj obali: u Heligolandu, u Hamburgu, u Millportu u Škotskoj iu Mesini. Ovdje se uobličio projekat pokrivanja svijeta mrežom bioloških istraživačkih stanica, sličnih željezničkim stanicama, gdje su naučnici mogli stati, sakupljati materijal, vršiti opservacije i eksperimente, prije nego što pređu na sljedeću stanicu.Suočen s brojnim poteškoćama, Dohrn je počeo maštati o mogućnosti da morski biolozi stignu u more i pronađu gotov radni sto, s laboratorijom, uslugama, kemikalijama, časopisima i knjigama i informacijama o tome gdje i kada određene vrste mogu biti pronađene, zajedno s korisnim informacijama o lokalnim uvjetima mora, morskog dna i obala. Dohrn je, nakon što je pokušao provesti svoj projekt u Messini, odlučio da će Napulj biti idealno mjesto za njegovu stanicu. Izbor ovog grada bio je zbog velikog biološkog bogatstva Sredozemnog mora, ali i zbog mogućnosti razvoja istraživačkog instituta od velikog međunarodnog značaja u samom gradu međunarodnog poziva i velikih dimenzija. Nakon posjete berlinskom akvarijumu, koji je upravo otvoren, pomislio je da bi javni akvarijum mogao zaraditi dovoljno da plati stalnog laboratorijskog asistenta. Napulj je sa svojih 500.000 stanovnika bio jedan od najvećih i najatraktivnijih evropskih gradova, sa značajnim prilivom turista (30.000 godišnje), potencijalnih posjetilaca akvarijuma.Spajajući maštu, snagu volje, diplomatsko umeće i dobru dozu sreće, zahvaljujući prijateljskoj podršci naučnika, umetnika i muzičara, Anton Dohrn je prevazišao sumnje, neznanje i nesporazume i uspeo da ubedi opštinske vlasti da mu daju, besplatno, komad zemlje na samoj obali mora, u prekrasnoj vili Comunale, zatim Kraljevskom parku. On je sa svoje strane obećao da će o svom trošku izgraditi Zoološku stanicu. Dohrn je tačno znao šta želi i kako, te je sam pripremio planove izgradnje. Temelji su postavljeni u martu 1872. godine, a do septembra 1873. godine zgrada je završena. Nakon prve zgrade, trenutno centralnog dijela, 1885-1888. dograđena je druga zgrada, povezana s prvom mostom, dok su dvorište i zapadni dio izgrađeni 1905. godine. Samo pedeset godina kasnije biblioteka će biti izgrađena. umetnuta između prve i druge zgrade.Javni akvarijum, koji se prostire na površini od 527 m2, otvoren je 26. januara 1874. godine i ostao je jedinstven do danas, jer se veoma malo menjao od svog nastanka, najstariji je akvarijum iz 19. veka koji je još uvek u funkciji i isključivo posvećena fauni i flori Mediterana. Izgrađen je pod nadzorom Williama Alforda Lloyda, engleskog inženjera koji je doprinio dizajnu javnih akvarijuma u Hamburgu i Londonu.Zvanično otvorenje Zoološke stanice održano je 14. aprila 1875. godine.Prema nedavnim studijama o sociologiji organizacije, Zoološka stanica je anticipirala postindustrijski model planiranja naučnih istraživanja usred industrijske ere, koji je favorizovao tipično aktuelne teme kao što su interdisciplinarnost, menadžerski kapacitet za samofinansiranje (kroz akvarijum). i prodaja morskih životinja drugim istraživačkim institutima itd.), promicanje saradnje i saradnje svih ljudi uključenih u istraživanje (saradnici, tehničari, ribari i domara). Čak 19 dobitnika Nobelove nagrade aktivno je radilo u njegovim laboratorijama, dajući značajan podsticaj razvoju bioloških nauka.