Antoniánske múzeum, znovu otvorené v roku 1995, ponúka jedinečnú trasu medzi umeleckými pokladmi, ktoré sa v priebehu storočí vytvorili pre baziliku a ctihodnú archu Svätého Antona: obrazy, sochy, omietky, posvätné rúcho, tapisérie, zlatníci, dodnes málo prístupné verejnosti. Sú vystavené autentickým majstrovským dielam umenia: freska lunette od Mantegny pre portál baziliky, drevené vložky pätnásteho storočia, vzácna loď umenia zlatníka nemeckého Cinqucenta, oltárne kúsky Tiepola a Piazzetty, vzácne liturgické rúcho tkané v Lyone v osemnástom storočí.
