Antonijas muzejs, kas atkal tika atvērts 1995. gadā, piedāvā unikālu maršrutu starp mākslas dārgumiem, kas gadsimtiem ilgi veikti bazilikai un godājamajam St Anthony šķirstam: gleznas, skulptūras, apmetumi, svētie apģērbi, gobelēni, Zeltkaļi, līdz mūsdienām maz pieejama sabiedrībai. Ir pakļauti autentiskiem mākslas meistardarbiem: Mantegna freska par bazilikas portālu, piecpadsmitā gadsimta koka inkrustācijas, zelta kalēja mākslas vērtīgs kuģis Vācu Cinqucento, Tiepolo un Piazzetta altāra gabali, reti liturģiskais apģērbs, kas austs Lionā astoņpadsmitajā gadsimtā.
