Itinayo noong 1603 ang Kyoto paninirahan ng Tokugawa Ieyasu, ang unang shogun ng Edo panahon (1603-1867). Kanyang apong lalaki Iemitsu nakumpleto ang castle ' s palace gusali 23 taon na ang lumipas at karagdagang pinalawak na ang kastilyo sa pamamagitan ng pagdaragdag ng isang limang-kuwento kastilyo panatilihin.
Bumagsak ang Tokugawa Shogunate noong 1867, si Nanong kastilyo ay ginamit bilang isang palasyo ng imperyal ng ilang panahon bago ibigay sa lungsod at nagbukas sa publiko bilang isang makasaysayang lugar. Nito palace gusali ay arguably ang pinakamahusay na mga surviving mga halimbawa ng mga kastilyo palasyo arkitektura ng Japan ang pyudal na panahon, at ang kastilyo ay itinalaga ng isang UNESCO world heritage site noong 1994.