Aragonas pili 15. gadsimta beigās uzcēla Alfonso d'Aragona, lai aizsargātu Pozzuoli līci no mauru iebrukumiem, kā daļu no plašas nocietinājumu sistēmu būvniecības programmas, kas tika īstenota visā Itālijas dienvidu daļā, lai nodrošinātu derīgu aizsardzību gan pret biežajiem saracēnu iebrukumiem, gan pret vietējo baronu, kuri bieži vien bija apvienojušies, lai gāztu karaļa varu, neatlaidīgo pretestību. Plašā aizsardzības sistēmas nostiprināšanas programma tika iecerēta kā organiski savienotu nocietinājumu virkne; tāpēc cietokšņi tika būvēti galvenokārt piekrastē (Gaetā, Mondragonē, Iskijā, Bejā un Pozzuoli), lai kavētu ienaidnieka flotes izkāpšanu. Vēsturnieks Rikardo Filandžori (Riccardo Filangieri) ziņo, ka valdnieks, izmantojot arhitekta Frančesko di Džordžo Martīni (Francesco di Giorgio Martini) padomu, lika uzcelt nocietinājumu Bajā, lai aizsargātu plašo ieleju no Miseno līdz Nisidai. Mūsdienās nav saglabājušās nekādas sākotnējās pils arhitektūras pēdas, jo tā tika uzcelta aragoniešu laikā un pēc tam radikāli pārveidota turpmākajos Spānijas vicekaraļnama valdīšanas gadu desmitos, ņemot vērā militārās tehnikas jauninājumus. Aragoniešu nepabeigto ēkas nostiprināšanu vēlāk veica vicekaraļis Pedro Alvarezs de Toledo, kad 1538. gadā pils cieta no Monte Nuovo izvirduma, un šis notikums prasīja vērienīgus restaurācijas darbus, kas kopā ar don Pedro pasūtītajiem darbiem galīgi iznīcināja ēkas primitīvo arhitektūras izskatu. Tomēr tas joprojām ir saglabājies 1539. gada kokgriezumā, kurā redzams ļoti augsts četrstūraina plāna mūra tornis, ko ieskauj aizkaru mūris, ko savukārt pastiprina stūra torņi, kas arī ir mūra torņi, ar skarpveida pamatni un kvadrātveida plānu. Jaunais ēkas organisms tika ievērojami paplašināts dienvidu virzienā, un tā sienas tika uzbūvētas ar varenām sienām, kas balstījās tieši uz tufveidīgo klinšu krasta, tādējādi piešķirot tai tādu izskatu, kāds tai ir vēl šodien. Pašreizējais cietokšņa plāns ir iegarens un iet paralēli izvirzījuma austrumu nogāzei. Ziemeļrietumu virzienā izvirzīts priekšplānā sardzes tornis, kas tā pamatnes bastiona formas dēļ pazīstams kā Torre Tenaglia; pretējos stūros, dienvidu virzienā, atrodas divi citi bastioni, no kuriem dienvidaustrumu virzienā esošais ļāva kontrolēt piekļuvi jūrai, bet dienvidrietumu virzienā esošais nodrošināja ieejas aizsardzību no sauszemes puses, pa kuru vijās kāpnes, vedot uz pirmo paceļamo tiltu. Rietumu pusē aizsardzību nodrošināja arī lielgabalu ostas, kas izvietotas gar kraņeļu perimetru, un dubulta bastiona siena. Tā vietā sākotnējais pils kodols (maschio jeb donžons) atradās uz izvirzījuma augstākās daļas, netālu no Tenaglia torņa, un ceļš, kas uz to veda, tika aizsargāts ar vēl trim paceļamiem tiltiem. Benvenuto Tortorelli 1575. gadā ierosināja no jūras puses uzbūvēt apkārtējo mūri, jo bija konstatējis vāju vietu pils aizsardzībā. Aptuveni gadsimtu vēlāk, 1670. gadā, Karaliskās tiesas inženieris Frančesko Antonio Pikiatti (Francesco Antonio Picchiatti) norādīja uz steidzamiem uzturēšanas darbiem, tostarp Baluardo delle Dame parapeta un virs tā esošās sienas, kas pazīstama kā Stendardo, atjaunošanu. Pēc tam 18. gadsimtā pili skāra daudzi notikumi, kas veicināja tās bojājumus: trīsdesmit gadus to okupēja Austrijas karaspēks; pēc tam pils cieta no jauniem aplenkumiem īsa Neapoles Republikas perioda laikā un vēl vienu īsu okupāciju, ko veica Žozefa Bonaparta franču karaspēks. Pēc Burbonu atkārtotās iekarošanas cietoksni pie jūras nostiprināja un karavīriem uzcēla jaunas telpas. gadā pils militārais garnizons beidzot pārtrauca pildīt Flegras piekrastes aizsardzības nocietinājuma funkciju, un no tā laika sākās lēnas lejupslīdes posms, kad pils īpašumtiesības nepārtraukti pārgāja no vienas pārvaldes uz citu. Pirmā pasaules kara laikā cietoksni izmantoja karagūstekņu turēšanai, tāpēc uz Tenaglia torņa terases tika uzcelti augsti mūri, lai izveidotu norobežojumu. 1926. gadā provinces Augstā komisija un Neapoles pašvaldība no Valsts īpašumu biroja panāca, ka pils tiek izmantota kā vieta, kur izvietot lielu kara bāreņu institūtu, tāpēc trīs gadu laikā tika veikti ievērojami darbi, kas radikāli pārveidoja ēku, mainot un dažkārt atceļot iepriekšējos gadsimtos celto būvju pēdas. 1975. gadā pili arī pārtrauca izmantot kā bāreņu namu, un īpašumtiesības atgriezās Valsts īpašumu birojam, kas 1984. gadā to nodeva toreizējai Neapoles un Kasertas provinču arheoloģiskajai superintendentūrai, kura bija ierosinājusi to izmantot kā specializētu Flegras reģiona arheoloģijas muzeju. Visbeidzot, kopš 1993. gada tajā atrodas Flegrejas lauku arheoloģiskais muzejs, kas sastāv no sešām topogrāfiskām nodaļām, kas attiecīgi veltītas Kumae, Puteoli, Rione Terra, Liternum, Baia un Misenum un sadalītas piecdesmit sešās muzeja telpās.