Ang Archaeological Museum of Mykonos ay itinayo noong 1902. Ang Museo ay itinayo pangunahin upang mapanatili ang mga bakas na nakuha mula sa Purification Pit na itinayo noong 426-425 B.C. Ang hukay na ito ay nahukay noong taong 1898 ng kilalang iskolar na si D. Stavropoulos mula sa kaakit-akit na pulo ng Rheneia. Ang eleganteng tampok na arkitektura ng museo ay idinisenyo ng kilalang arkitekto, si Alexandros Lykakis. Ang ideya ng pagtatayo ng gusali kung saan matatagpuan ang museo ay isinilang ng Ministri ng Edukasyon sa pakikipagtulungan ng Archaeological Society of Athens.Ang koleksyon ng mga plorera na kabilang sa panahon ng Helenistiko ay kapansin-pansin din sa kanilang presensya. Isa sa mga pangunahing atraksyon ng museo ay ang medyo artistikong ginawa na pithos na mahusay na naglalarawan ng mga eksena mula sa Capture of Troy. Ang kahanga-hangang pithos na ito ay nahukay noong taong 1961 habang ang mga naghuhukay ay naghuhukay ng balon sa Mykonos.Masining na inilalarawan ng pithos ang pagbagsak ng hukbo ng Trojan mula sa quintessential Wooden Horse. Ang katawan ng pithos ay nakapaloob sa mga panel na naglalarawan sa mga sundalong nagsasagawa ng opensiba laban sa mga inosenteng babae at bata. Naniniwala ang mga iskolar na ang pithos ay napetsahan noong ika-7 siglo BC. Mayroon ding napakalaking Archaic amphora na kitang-kita na may masalimuot na disenyong palamuti. Ang partikular na kahalagahan ay isang estatwa na may sphinx sa leeg at ulo ng kabayo sa katawan.Ang Grave stele ng Glykon ay kapansin-pansin din sa pagkakaroon nito na hindi sinasadyang natuklasan sa dagat. Ang biktima ay nakikitang nakaupo sa mga bato, sa isang mabagsik at maalalahanin na mood na nakatingin sa direksyon ng prow ng barko. Sa pedestal ay may isang inskripsiyon na may ganitong mga salitang Glykon, anak ni Protogenis, mabait, magaling ka. Ang grave stele na ito ay isa sa mga hindi mabibiling koleksyon ng museo.Bukod sa Grave stele ni Glykon, mayroon ding Grave stele ng Tertia Horaria. Ang namatay na babae ay makikitang nakaupo at iniabot ang kanyang nakalatag na kamay sa kanyang asawa na nasa harapan mismo. May larawan din ng isang aliping anak na may lalagyan ng alahas ng kanyang namatay na ginang. Ang libingang stele na ito ay nakaposisyon sa ibabaw ng isang marble sarcophagus na may nakasulat na Tertia Horaria sa kilalang Hellenistic cemetery na matatagpuan sa Rheneia. Ito ay pinaniniwalaang nabibilang sa ika-2 siglo BC.Nariyan din ang estatwa ni Heracles mula sa Rheneia. Ang napakahalagang estatwa na ito ay natagpuan noong 1899 sa loob ng ligtas na langit ni Heracles. Ang matapang na lalaki ay itinatanghal na hubo't hubad at may hawak na pamalo at balat ng leon sa kanyang kaliwang kamay. Ang katangi-tanging estatwa na ito ay gawa sa pinakamagandang uri ng marmol ng Parian at pinaniniwalaang kabilang sa ika-2 siglo. Ang quintessential Cycladic frying-pan na may masalimuot na adornment na kinabibilangan ng female genitalia sa ibabang bahagi ay nahukay mula sa isang Mykonos grave at pinaniniwalaang nabibilang sa unang bahagi ng panahon ng Cycladic.Ang isa sa mga museo na pinakakilalang artifact ay ang Archaic Hydria na pinalamutian ng masalimuot na disenyo ng floral pattern at mga larawan ng mga kabayo. Isa lamang ito sa maraming plorera na nahukay mula sa Purification Pit. Ang kahanga-hangang red-figure hydria din ay sulit na tingnan at kitang-kita sa tangkad ng isang lumilipad na Nike. Ang isang usa ay makikitang tumatakbo patungo sa kaliwang bahagi.Ang sinaunang sibilisasyong Griyego ay kilala na gumamit ng luwad para sa pagbibigay hugis sa mga artistikong pigura. Ang Archaeological Museum of Mykonos ay nagpapakita ng napakagandang Clay figurine ng isang magandang babae na inilalarawan na nakasuot ng tradisyonal na chiton at himation. Ang bihirang clay figurine na ito ay natuklasan sa Rheneia at itinayo noong ika-2 siglo. Kapansin-pansin din sa presensya nito ang rebulto ng isang patay na nakasuot ng tradisyonal na damit. Tulad ng Clay figurine ng magandang babae, ang estatwa ng patay na lalaki ay nahukay din mula sa lokalidad ng Hellenistic Rheneia.