Het Archeologisch Museum bevindt zich in een buitengewone architectonische context, het voormalige klooster van het grote klooster van San Maurizio, opgericht in de achtste eeuw na Christus, waar de geschiedenis van het oude Milaan nog steeds zijn sporen laat zien. Het gebied werd bezet door een residentieel gebouw uit de eerste eeuw na Christus, de muren en het grote Romeinse circus grenzend aan het Keizerlijke Paleis van het einde van de derde eeuw na Christus, waarvan aanzienlijke overblijfselen zijn bewaard gebleven.
De collecties worden tentoongesteld in verschillende kamers, afhankelijk van de cultuur van het behoren. Op de begane grond, voorbij het eerste klooster (architectonische decoratie van milanese oorsprong) is het gedeelte gewijd aan het oude Milaan. Het bezoek gaat verder in het interne klooster ("de Milanese samenleving via de epigrafen") waar u de polygonale toren (eind III eeuw) kunt bezoeken met hoog-middeleeuwse fresco ' s (XIII eeuw).
In de kelder kunt u de kunst sectie van Gandhara en de levende in Mediolanum sectie bezoeken. Vanuit het interne klooster van het museum, langs de loopbrug die de Romeinse muren kruist, bereikt u het gebouw van via Nirone 7, nieuwe uitbreiding van het museum. Op de begane grond, naast de conferentiezaal, wordt een pad aangelegd dat gewijd is aan oude muziek (stille geluiden. Beelden en muziekinstrumenten van het Archeologisch Museum van Milaan). Op de eerste verdieping bevindt zich het gedeelte van de Hoge Middeleeuwen, op de tweede het Etruskische gedeelte, terwijl de derde verdieping gewijd is aan het Griekse gedeelte. Vanuit een kleine kamer onderaan het Etruskische gedeelte kunt u de twee Romeinse torens van het complex van het grote klooster bekijken. In de polygonale Toren van de muren is een beeldhouwwerk tentoongesteld dat door Mimmo Paladino aan de gemeente Milaan is geschonken. De Egyptische, prehistorische en protohistorische collecties worden tentoongesteld in de Visconti kamers van de Castello Sforzesco.