Het Archeologisch Museum van Pythagorion herbergt ongeveer 3000 voorwerpen die zijn gevonden bij opgravingen in de oude stad Samos en bij andere opgravingen rond het eiland. Deze tentoongestelde voorwerpen tonen het historische verloop van het eiland van het 5e millennium voor Christus tot de 7e eeuw na Christus en geven een beeld van het politieke belang van Samos in de oudheid. De collectie "nekrodeipna" van het museum is een unieke schat. Dit zijn reliëfs die begrafenisbanketten uitbeelden en inzicht geven in de oude begrafenisgewoonten en geloofsovertuigingen. Een breed scala aan aardewerk, daterend uit de 9e eeuw voor Christus tot de 2e eeuw voor Christus, verrijkt het aanbod van het museum verder. Onder de niet te missen tentoonstellingen bevinden zich: Een marmeren zittend beeld van Aeaces, daterend uit ongeveer 540 voor Christus. De inscriptie onthult dat het was gewijd aan de godin Hera door Aeaces, de vader van Polycrates. Intrigerend genoeg werd het gefinancierd door de rijkdom die Aeaces verwierf met piraterij. Een grote marmeren sarcofaag, gemaakt om op een tempelachtige structuur te lijken, uit de tweede helft van de 6e eeuw voor Christus.
Een kleine poros grafsteen, versierd met een palmetbloem en gegraveerd met de woorden "DIAGORO TO GDILO," daterend uit 530 v.Chr.
Een andere marmeren grafsteen met een palmetbloem, ontdekt in Chora en gedateerd op 500/490 v.Chr.
Een bovenmaats marmeren beeld van de Romeinse keizer Trajanus, imposant 2,71 meter hoog.
Gedetailleerde marmeren portretten van de Romeinse keizers Augustus en Claudius, met een hoogte van respectievelijk 0,49 meter en 0,53 meter.
Het museum is gunstig gelegen op ongeveer 300 meter van de haven.
