Ní féidir fanacht i bpríomhchathair Mhálta gan cuairt a thabhairt ar Chomh-Ardeaglais Mhálta. Ba é an tArdmháistir Jean de la Cassiere a choimisiúnaigh an tionscadal i 1572 chun feidhmiú mar eaglais d’Ord Ridirí Naomh Eoin, agus dhear an t-ailtire Máltach Gerolamo Cassar é. Críochnaíodh an obair faoi 1577 agus tiomnaíodh í do Naomh Eoin Baiste, duine de dhá phátrún an Oird. Léiríonn Comh-Ardeaglais Naomh Eoin i Valletta tábhacht na Críostaíochta do thír Mhálta. Ón taobh amuigh, b’fhéidir nach bhfuil mórán cuma ar an ardeaglais seo ón 16ú haois, ach breathnaigh ar an taobh istigh agus fíor-iontas ort. Rinneadh athchóiriú ar an ardeaglais sa 17ú haois agus tá decor Bharócach opulent. Seachas a cuid ealaíne agus iarsmaí saibhir Bharócach, tá frescos Bharócach mórthaibhseacha ag Ardeaglais an Chontae, urláir marmair ornáideacha, dealbha tríthoiseacha, ballaí cloiche snoite agus síleálacha boghtach anála maisithe ag an ealaíontóir cáiliúil Bharócach na hIodáile, Mattia Preti. Tá ceann de na saothair is mó aitheanta go hidirnáisiúnta le Michelangelo Merisi da Caravaggio sa Chomh-Ardeaglais, ar a dtugtar "The Beheading of St John the Baptist"; (1608). Tá an phéintéireacht, atá suite laistigh den Aireagal, ar an saothar ealaíne is mó le Caravaggio agus is é an t-aon duine a bhfuil a shíniú air. Gach lá den bhliain, déanann cuairteoirí a mbealach chuig an ardeaglais chun léargas a fháil ar an saothar ealaíne cáiliúil, agus fillfidh go leor ar an ardeaglais gach uair a bhíonn siad ar an oileán. Tá an Ardeaglais féin comhdhéanta de naoi gcinn de shéipéil maisithe go deas ar gach taobh; Tógadh ocht gcinn do gach teanga de chuid Ridirí Naomh Eoin, agus tá an naoú tiomnaithe dá bpátrún, Mhuire Philermos, pátrún eile an Oird. Tá íocón ársa de bhean Philermos sa séipéal deireanach freisin, rud a mheas na Ridirí a bheith ina réad naofa. Tá scata mistéireach ag Comh-Ardeaglais Naomh Eoin Málta freisin ina bhfuil tuamaí Ard-Mháistrí Ridirí Naomh Eoin.
