Arheološki muzej v Mikonosu je bil zgrajen leta 1902. Muzej je bil ustanovljen predvsem zato, da bi ohranil ostanke, najdene v očiščevalni jami, ki izvira iz obdobja 426-425 let pred našim štetjem. To jamo je leta 1898 izkopal priznani znanstvenik D. Stavropoulos na slikovitem otočku Rheneia. Elegantno arhitekturno podobo muzeja je zasnoval priznani arhitekt Alexandros Lykakis. Zamisel o gradnji stavbe, v kateri se nahaja muzej, se je porodila na ministrstvu za izobraževanje v sodelovanju z Atenskim arheološkim društvom. S svojo prisotnostjo je omembe vredna tudi zbirka vaz, ki pripadajo helenističnemu obdobju. Ena glavnih zanimivosti muzeja je precej umetelno izdelan pitos, ki spretno prikazuje prizore iz osvajanja Troje. Ta izjemen pithos je bil odkrit leta 1961, ko so kopači kopali vodnjak na Mikonosu.
Pitos umetniško upodablja padec trojanske vojske z značilnega lesenega konja. Telo pithosa je obdano s ploščami, na katerih so upodobljeni vojaki, ki se podajajo v napad na nedolžne ženske in otroke. Znanstveniki menijo, da pithos izvira iz 7. stoletja pred našim štetjem. Obstaja tudi masivna arhaična amfora, ki izstopa z zapleteno oblikovanim okrasjem. Posebnega pomena je kipec s sfingo na vratu in konjsko glavo na telesu.
Opazna je tudi Glikonova grobna stela, ki je bila po naključju odkrita v morju. Žrtev je upodobljena sedeča na skalah, v ganljivem in zamišljenem razpoloženju, ki brezizrazno strmi v smer ladijskega premca. Na podstavku je napis s temi besedami: Glikon, Protogenisov sin, kreposten, srečno se imej. Ta nagrobna stela je ena od neprecenljivih zbirk muzeja.
Poleg Glikonove nagrobne stele je tu še nagrobna stela Tertia Horaria. Na njej je prikazana sedeča pokojnica, ki možu, ki je postavljen tik pred njo, podaja roko za slovo. Na steli je tudi podoba otroka sužnja s posodo za nakit pokojne gospe. Ta nagrobna stela je bila postavljena na marmorni sarkofag z napisom Tertia Horaria na znanem helenističnem pokopališču v Reneji. Pripadala naj bi 2. stoletju pred našim štetjem.
V Reneji je tudi kip Herakla. Ta neprecenljivi kip so leta 1899 našli v varnem Heraklovem nebesnem prostoru. Pogumni mož je upodobljen gol, v levi roki pa drži palico in levjo kožo. Ta izvrsten kip je izdelan iz najboljše sorte pariškega marmorja in naj bi sodil v 2. stoletje. Značilna kikladska ponev z zapletenim okrasjem, ki na spodnjem delu vsebuje ženske genitalije, je bila odkrita v grobu na Mikonosu in naj bi sodila v zgodnje kikladsko obdobje.
Eden najbolj znanih artefaktov v muzeju je arhaična hidrija, ki je okrašena z zapletenim rastlinskim vzorcem in podobami konj. To je le ena od številnih vaz, ki so jih izkopali v očiščevalni jami. Ogleda vredna je tudi čudovita hidrija z rdečo figuro, ki izstopa po postavi leteče Nike. Na levi strani je viden jelen, ki se steguje proti levi strani.
Starogrška civilizacija je bila znana po uporabi gline za oblikovanje umetniških figur. V Arheološkem muzeju Mikonos je na ogled odlična glinena figurica lepe ženske, ki je upodobljena v tradicionalnem chitonu in himationu. Ta redka glinena figurica je bila odkrita v Reneji in datira v 2. stoletje. Prav tako je opazen kipec mrtvega moškega, ki nosi tradicionalno obleko. Tako kot glinena figurica lepe ženske je bil tudi ta kipec mrliča odkrit v helenistični Reneji.