Arheološki muzej na Mikonosu podignut je 1902. Muzej je osnovan prvenstveno kako bi se sačuvali ostaci pronađeni iz jame za čišćenje koja datira iz 426-425. p.n.e. Ovu jamu je 1898. godine iskopao poznati naučnik D. Stavropoulos sa slikovitog ostrva Rheneia. Elegantnu arhitektonsku karakteristiku muzeja dizajnirao je poznati arhitekta Alexandros Lykakis. Ideju o izgradnji zgrade u kojoj se nalazi muzej rodilo je Ministarstvo obrazovanja u saradnji sa Arheološkim društvom Atine.Zbirka vaza iz helenističkog perioda također je vrijedna pažnje svojim prisustvom. Jedna od glavnih atrakcija muzeja su prilično umjetnički dorađeni pitosi koji vješto prikazuju scene iz Zauzimanja Troje. Ovaj izuzetan pitos je iskopan 1961. godine dok su kopači kopali bunar na Mikonosu.Pitos umjetnički oslikava pad trojanske vojske od suštinskog Drvenog konja. Tijelo pitosa ograđeno je panelima koji prikazuju vojnike koji kreću u ofanzivu na nedužne žene i djecu. Naučnici veruju da pitos datira iz 7. veka pre nove ere. Tu je i masivna arhajska amfora koja je upadljiva sa zamršeno dizajniranim ukrasima. Posebno je značajna statua sa sfingom na vratu i konjskom glavom na tijelu.Grobna stela Glykon također je upadljiva svojim prisustvom koje je slučajno otkriveno u moru. Žrtva se vidi kako sjedi na stijenama, u dirljivom i zamišljenom raspoloženju kako tupo zuri u pravcu pramca broda. Na postolju je natpis sa ovim riječima Glykon, sin Protogenis, čestiti, zdravo. Ova grobna stela jedna je od neprocjenjivih zbirki muzeja.Osim Glikonove grobne stele, tu je i Grobna stela Tercije Horarije. Pokojna žena se vidi kako sjedi i pruža ruku na rastanku svom mužu koji se nalazi ispred. Tu je i slika ropskog djeteta sa posudom za nakit njene pokojne gospođe. Ova grobna stela bila je postavljena na vrhu mermernog sarkofaga na kome je ispisan natpis Tertia Horaria na poznatom helenističkom groblju u Reneji. Veruje se da pripada 2. veku pre nove ere.Tu je i kip Herakla iz Reneje. Ova neprocjenjiva statua pronađena je 1899. u sigurnom Heraklovom raju. Hrabri čovjek je prikazan gol i u lijevoj ruci drži toljagu i lavlju kožu. Ova izuzetna statua napravljena je od najfinije sorte parijskog mermera i veruje se da pripada 2. veku. Kvintesencijalni kikladski tiganj sa svojim zamršenim ukrasom koji uključuje ženske genitalije na donjem dijelu je iskopan iz groba na Mikonu i vjeruje se da pripada ranom kikladskom dobu.Jedan od najpoznatijih muzejskih artefakata je arhaična hidrija koja je ukrašena zamršeno dizajniranim cvetnim uzorkom i slikama konja. To je samo jedna od mnogih vaza koje su iskopane iz Jame za pročišćavanje. Prekrasna crvenofiguralna hidria također je vrijedna pogleda i upadljiva je po stasu letećeg Nikea. Vidi se jelen kako juri prema lijevoj strani.Poznato je da je drevna grčka civilizacija koristila glinu za davanje oblika umjetničkim figurama. Arheološki muzej na Mikonosu izlaže vrhunsku glinenu figuricu prelijepe žene koja je prikazana kako nosi tradicionalni hiton i himation. Ova retka glinena figurica otkrivena je u Reneji i datira iz 2. veka. Svojim prisustvom upadljiv je i kip mrtvaca u tradicionalnoj nošnji. Poput glinene figurice prelijepe žene, i ova statua mrtvaca pronađena je na lokalitetu helenističke Reneje.