Eisenstadt'taki St. Martin Katedrali'nden ilk kez 1264 bahsedildi. Bu şapelden günümüze kalan koro alanında hala Romanesk bir temel kalıntısı bulunmaktadır. 13. Yüzyılda şapel, erken bir Gotik koro eklenerek genişletildi. 14. yüzyılda meslekten olmayanlar için bir şapel eklendi. 1460 yılında kilise, 1453 yılında Konstantinopolis'in Yıkılmasından sonra Türklerin saldırısı beklendiğinden, şehir kaptanı Johann Siebenhirter altında müstahkem veya savunma amaçlı bir kilise olarak yeniden inşa edildi. Gotik bina 1522'de tamamlandı. 1589'daki büyük yangından sonra, 1610-1629 yılları arasında ağır hasar görmüş kilisenin inşası gerçekleşmeden yaklaşık 30 yıl geçti.
1777'de Stefan Dorffmeister tarafından 'St. Martin'in Başkalaşımını' betimleyen büyük bir sunak eklendi. Ertesi yıl Viyanalı organ üreticisi Malleck, Joseph Haydn'ın talimatlarına göre bir organ kurdu.
Eisenstadt Piskoposluğunun kurulmasından sonra, St. Martin Kilisesi 1960 yılında katedral rütbesine yükseltildi. Aziz Martin, piskoposun ve Toprağın koruyucu azizi oldu. 1960 Yılında Piskopos Stephan László'nun yönetiminde iç ve pencereler yenilenmiştir.
Katedral kilise müziği ile ünlüdür. Yıllık Haydn Festivalinin konserleri de burada gerçekleşiyor. 2002/2003 yılında katedral yeniden yenilenmiş, iç mekan yenilenmiştir. Modern mobilyalar sanatçı Brigitte Kowanz tarafından tasarlanmıştır.
