Esta Basílica não-turística San Clemente al Laterano conta a história de Roma com base nas diferentes camadas da igreja. A actual igreja 'San Clemente al Laterano', dedicada ao Papa Clemente I, foi construída no topo de uma igreja do século IV, durante o século XII. Abaixo dela, foram encontradas muitas mais fundações romanas. A actual basílica é uma das muitas em Roma e não a principal razão da sua visita, mas foram encontrados vestígios de casas romanas (500-27 a.C.) a 20 metros abaixo desta igreja. Pensa-se que as casas foram destruídas por um grande incêndio durante o reinado do imperador Nero e mais tarde utilizadas como fundações.
Para além destas fundações, foi encontrada outra grande casa que tinha sido construída no século I. Esta casa serviu de igreja secreta para o Papa Clemente naquela época, pois ainda não havia liberdade de religião.
Durante o século IV, quando a liberdade religiosa foi concedida, foi construída uma basílica no topo da igreja secreta. A igreja foi dedicada ao túmulo de São Clemente, o terceiro sucessor de Pedro como papa. O que torna esta basílica única é a riqueza da sua decoração por pintores e escultores.
Em 1084, grande parte da igreja foi destruída em ataques vikings, depois dos quais o Papa Paschal mandou construir uma nova igreja no topo da antiga no século XII. A fim de criar uma fundação forte, partes da antiga igreja foram tijoladas e preenchidas.
Desde 1862, muitas escavações foram realizadas para descobrir estruturas antigas, mosaicos, e frescos da igreja inferior. Quando se visita a igreja, percorre-se as diferentes camadas da sua história.
