Oprindelsen af Basilica of te Holy Spirit begynder, da immigranter ankom i slutningen af det 19. århundrede, og de fremmede oprettelsen af et kapel dedikeret til Jomfruen af Guadalupe, der er skytshelgen for Mexico og Filippinerne og betragtes som "Amerikas kejserinde". I 1890 byggede en familie ved navn Figueroa et kapel til ære for Guadalupe.
I mangel af et sæde tilbød Monsignor Aneiros dem i 1894 til Kongregationen af det guddommelige ord , (grundlagt i dag af Sankt Arnold Janssen den 8. september 1875 i Steyl, en lille by i Holland, nær grænsen til Tyskland), der var i landet siden 1889, kapellet til at tjene som deres hovedkvarter.
Der blev viceparish af Gral. Las Heras (navnet på sognet som civil jurisdiktion) begyndte at fungere den 1. november 1896. I løbet af få år var kapellet allerede lille for kvarteret. Derfor besluttede man sig for at bygge det nye tempel.
Den grundlæggende sten (den ligger bag hovedalteret) blev sat i 1901 og indviet i 1907, efter ordre fra kongregationens grundlægger, ville det nye tempel blive viet til Helligånden.
Det blev erklæret for en basilika den 30. oktober 1940 af pave Pius XII, "på grund af dets skønhed og rummelighed". Billedet af Jomfruen blev bragt fra Mexico.
Helligåndskirkens basilika slår udad, hvor de to tårne, der måler 54 meter i højden, skiller sig ud. Med en let gotisk tendens, der er udsat i denne højde, er der i hvert af dem et imponerende ur, hvis maskine er af tysk oprindelse. Klokkespillet har tre klokker. Over urene er de egentlige tårne med fem støbte klokker i byen Bochum, ligeledes i Tyskland.
