Asal mula Basilika Roh Kudus dimulai ketika para imigran yang datang pada akhir abad ke-19 mendorong pembangunan kapel yang didedikasikan untuk Perawan Guadalupe, santo pelindung Meksiko dan Filipina serta dianggap sebagai "permaisuri Amerika". Pada tahun 1890, sebuah keluarga bernama Figueroa membangun sebuah kapel untuk menghormati Guadalupe.
Dengan tidak adanya sebuah biara, Monsinyur Aneiros menawarkannya pada tahun 1894, kepada Kongregasi Sabda Ilahi, (didirikan oleh Santo Arnold Janssen pada tanggal 8 September 1875 di Steyl, sebuah kota kecil di Belanda, dekat perbatasan dengan Jerman) yang berada di negara itu sejak tahun 1889, sebuah kapel yang akan menjadi markas besar mereka.
Di sana, wakil paroki Gral. Las Heras (nama paroki sebagai yurisdiksi sipil) mulai berfungsi pada tanggal 1 November 1896. Hanya dalam beberapa tahun, kapel itu sudah terlalu kecil untuk lingkungan sekitar. Itulah sebabnya mereka memutuskan untuk membangun kuil baru.
Batu fondasi (terletak di belakang altar utama) diletakkan pada tahun 1901 dan diresmikan pada tahun 1907, atas perintah pendiri Kongregasi, kuil baru ini akan didedikasikan kepada Roh Kudus.
Tempat ini dinyatakan sebagai basilika pada tanggal 30 Oktober 1940 oleh Paus Pius XII, "karena keindahan dan kelapangannya." Patung Perawan Maria dibawa dari Meksiko.
Basilika Roh Kudus berdampak ke luar di mana dua menara setinggi 54 meter terlihat menonjol. Dengan sedikit kecenderungan Gotik yang terlihat pada ketinggian tersebut, di masing-masing menara terdapat jam yang mengesankan, yang mesinnya berasal dari Jerman. Loncengnya memiliki tiga lonceng. Di atas jam-jam tersebut terdapat menara yang berisi lima lonceng yang dituang di kota Bochum, juga di Jerman.