Eliza muinoaren goialdean dago leku eder batean. GAUR egungo eliza gunean ez Kamaldolese monje eraikitako XI mendean eliza txiki bat izan zen, Eta San Basilio eskainitako. Eliza 1258ko Kortona zaku zehar kaltetuta izan zen, eta 1288an berreraiki santa Margherita san Basilio, San Egidio monako eta San Katalina Alexandriako eskainia izan zen. San Margaret, eliza txiki honen atzeko gela batean bere bizitzako azken urteak bizi izan zituen eta bertan hil zen 1297an. San Basilio elizan lurperatu zuten. Margherita hil eta berehala, elizaren ondoan, Eliza handiago bat eraiki zuen, Juan Pisanok diseinatu zuena, eta 1330ean Santuaren gorputza mugitu zuen. Xiii. mendeko eraikinetik fatxadako Arrosa-Leihoa besterik ez da geratzen, kanpandorrea eta koruaren kanpoko hormak. Xix. mendean eliza fresko garrantzitsuekin apaindua egon zen. Horma-ziklo horretatik, Elizbarrutiko Museoan gordetako zati batzuk besterik ez zaizkigu iritsi, baina horren froga hamazazpigarren mendeko kode batean gordetzen da, akuarelazko 1653an galdutako horma-pinturak dokumentatzen dituena. Bizirik iraun zuten pusketen analisiak 1335 inguruan datatu eta Lorenzetti anaien tailer bati edo biei aitortu zizkien. 1385ean, eliza monje Oliarenen esku utzi zuten, 1389an ordezkatua izan zena, oraindik ere hura zaintzen duten eta bisitariei harrera egiten dieten adingabeek. Elizak, ondorengo eraldaketak izan zituen aro modernoan, eta horien artean hamazazpigarren mendeko aldareak geratzen dira, baina eraldaketa garrantzitsuena, baina erabat desagertu dena, Joan Portugaleko Erregeak 700.urtearen erdian Behar zuena izan zen, Zeinak Santuari grazia eman baitzion. Jatorrizko nabe bakarra basilika egitura batekin ordezkatu duten, Ondoren, Mariano Falkini arkitektoaren, eraikin sakratuaren amaitu duten kortonese atsegina gabe emaitza da. Hala, 1896an, Eliza zaharra hamahirugarren mendean zegoen fatxada konpontzeko agindu zitzaion. 1927ko abuztuan basilika Txikiak duintasuna altxatutako zen. Ezkerreko gurutzadura kapera santa Margherita marmolezko hilobi monumentu da; gurtzen geratzen zilarrezko urn (1646) aldare nagusian atseden.
