Pusat awal nyata Fransiskan, Porziuncola menjadi salah satu situs peziarah yang paling penting, begitu banyak sehingga Paus Saleh V, pada akhir Konsili Trento, memutuskan untuk memiliki Basilika megah ini dibangun dengan tujuan memberikan kehidupan baru kepada Ordo biarawan kecil dan penerimaan yang memadai untuk banyak umat beriman yang sudah mengunjungi Porziuncola. Gereja memiliki tiga lorong, dengan transept yang tidak menonjol, denah kubah bersilang dan apse setengah lingkaran, dirancang oleh Galeazzo Alessi; itu selesai 1679 dengan pembangunan menara lonceng di sebelah kanan, yang seharusnya cocok dengan yang di sebelah kiri, yang berakhir tepat di atas atap gereja .
Gempa bumi 1832 menyebabkan runtuhnya nave pusat sejauh cross vault, bagian dari sisi yang dan bagian atas fa spongade, sementara kubah dan apse diselamatkan. Fokus Basilika, yaitu Kapel Porziuncola muncul sebagai gereja kecil, tepat di bawah kubah. Pada awal abad ke-13 gereja telah ditinggalkan di antara pohon ek milik biarawan Benediktin Subasio. Sekitar tahun 1205, Fransiskus mendirikan rumahnya di sana, memulihkan Gereja dan mendirikan Ordo Fransiskan. Gubuk pertama untuk para biarawan yang terbuat dari tanah liat dan alang-alang dibangun di sekitar Porziuncola. Ini adalah tempat di mana Santo Fransiskus paling sering tinggal, di mana dia memberi Saint Clare kebiasaan religiusnya (1212) dan di mana dia memegang Bab Mats (1221), yang dihadiri oleh lebih dari 5000 biarawan. Tradisi menyatakan bahwa di sini Santo Fransiskus memperoleh indulgensi penuh dari Perawan Maria. Porziuncola adalah konstruksi persegi panjang yang sangat sederhana, terbuat dari batu polikrom dari Subasio. Bagian atas fa spongade ditutupi oleh fresco (pengampunan Assisi), oleh Friedrich Overbeck dari L Spongeboeck (1829). Di sisi kanan adalah sisa-sisa dua lukisan dinding abad kelima belas dengan pengaruh Siena: Madonna dan anak antara Saint Francis dan Saint Bernardine. Di bagian belakang, adalah lukisan dinding oleh Perugino, Kalvari (bagian atasnya telah hilang). Interiornya (pengetuk pintu berasal dari abad kelima belas) memiliki lemari besi bergaris silang, sedikit menghitam oleh asap dari lampu; di altar, Kabar Sukacita dan kisah pengampunan, sebuah panel besar oleh Ilario da Viterbo (1393), yang juga membuat strip lukisan dinding di lemari besi bersama para penginjil; di dinding sebelah kiri adalah lukisan dinding Imago Pietatis.
