Reconnue comme site du patrimoine mondial de l'UNESCO, la basilique de Saint-François a été construite sous la direction du Frère Elias, vicaire général et architecte de l'ordre, à partir de 1228, deux ans seulement après la mort du saint, comme un lieu destiné à recevoir sa dépouille. Le pape Grégoire IX posa la première pierre le 17 juillet 1228, le lendemain de la canonisation de saint François, à l'endroit précédemment utilisé pour les exécutions et les enterrements de criminels. Selon la tradition, François lui-même, sur son lit de mort, indiqua cet endroit à ses compagnons comme lieu de sa sépulture. Extérieur L'extérieur de la basilique présente des références évidentes au gothique français dans la façade élancée et le portail bipartite, allégé par les consoles horizontales et la rosace à l'aspect typiquement ombrien, et avec un clocher lourd et à large structure. Les surfaces sont toutes en pierre du mont Subasio, qui a une couleur rose pendant la journée et brille en blanc au clair de lune. L'église inférieure Les visiteurs entrent dans la basilique inférieure par le côté, à travers une double porte du XIIIe siècle surmontée d'un prothyrus de la Renaissance. L'intérieur comporte une seule nef, divisée en cinq travées par des arcades basses, avec des chapelles latérales datant de la fin du XIIIe siècle. Dans la première travée, à l'entrée, se trouvent deux grandes tombes gothiques du XIVe s. et, entre elles, une chaire à base du XIIIe s., avec des ajouts et des remaniements postérieurs. En face de l'entrée se trouve la chapelle de Sainte Catherine, ou du Crucifix, décorée d'un cycle de fresques du Bolognais Andrea Bartoli (1368) et éclairée par des fenêtres à meneaux du XIVe siècle. Le crucifix en bois polychrome de l'autel date de la fin du XVe siècle. Les murs de la nef portent les restes de fresques représentant des scènes de la Passion du Christ (à droite) et des récits de la vie de saint François (à gauche), réalisées par celui qu'on appelle le Maître de saint François (vers 1253). Près de l'extrémité du mur gauche, dans une niche au-dessus d'une estrade gothique, se trouve une fresque du Couronnement de la Vierge par Puccio Capanna (XIVe s.). Au milieu de la nef, un escalier mène à la crypte ; derrière l'autel se trouve l'urne contenant les restes du saint, protégée par une grille de fer. En revenant dans l'église, la chapelle de la Madeleine conserve de précieuses fresques (datant d'environ 1314) représentant des histoires de Marie-Madeleine et des saints, attribuées à l'école de Giotto, et comprenant peut-être quelques peintures de la main du maître. La première chapelle à gauche présente des épisodes de la vie de Saint Martin, par Simone Martini (1312-1320). Dans la croisée des voûtes, au-dessus de l'autel gothique, se trouvent d'autres fresques attribuées aux assistants de Giotto, dont le Maestro delle Vele (Maître des voûtes d'Assise). Les murs et la voûte en berceau du transept droit conservent des fresques de l'école de Giotto ainsi qu'une Vierge trônant avec des anges et saint François, une grande composition de Cimabue, qui a été partiellement réduite. Sur le mur voisin, à l'extrémité, se trouvent cinq figures de saints, attribuées à Simone Martini. La chapelle de Saint-Nicolas est également décorée de fresques de l'école de Giotto (1300 à 1310), probablement exécutées avec l'aide du maître lui-même, et représentant des histoires de ce saint. Dans une niche au-dessus de l'autel se trouve la tombe gothique de Giovanni Gaetano Orsini, réalisée par un maître ombrien inconnu. Sur les murs et sur la voûte du transept gauche, les visiteurs peuvent admirer, entre autres, le cycle de la Passion du Christ et une Madone et des Saints par Pietro Lorenzetti et son atelier (1315-20). L'église supérieure Si la basilique inférieure, solennelle et sombre, invite à la pénitence et au silence, l'église supérieure s'élève vers le ciel, aérée et lumineuse. De style gothique aux influences françaises, la nef comporte quatre travées, des voûtes d'arêtes, un transept polygonal et une abside. Le transept est merveilleusement décoré de fresques de Cimabue, avec la célèbre Crucifixion, des scènes de l'Apocalypse et des Histoires de Saint Pierre. Commencé en 1277, le cycle a été endommagé par des modifications dans lesquelles la couleur blanche a pris un ton sombre, donnant à certaines images un aspect de négatifs photographiques. Cimabue et ses assistants ont également peint les quatre évangélistes au plafond au-dessus du maître-autel gothique et les fresques des Histoires de Marie sur les murs. Dans la partie supérieure de la nef se trouve un cycle de fresques avec des histoires du Nouveau et de l'Ancien Testament, que l'on pense être l'œuvre de peintres de l'école romaine et de disciples de Cimabue. L'espace des scènes narratives est entrecoupé de fenêtres ornées de vitraux médiévaux qui, malgré la reconstruction, constituent l'un des ensembles les plus complets de ce type en Italie. La partie inférieure des murs de la nef est décorée du célèbre cycle de fresques conçu par Giotto, qui en a supervisé la réalisation par d'autres mains. Le cycle contient des scènes de la vie de Saint François, de sa jeunesse à sa mort et aux miracles posthumes qui lui sont attribués, encadrées par une architecture peinte représentant des colonnes et des consoles.